Yaohai Bio-Pharma เตรียม circRNA โดยใช้ระบบ PIE (การจัดตำแหน่งเอ็กซอนและอินตรอน) ซึ่งอาศัยฟังก์ชันการเชื่อมต่อตัวเองของอินตรอนประเภท I เพื่อให้ได้ RNA cyclization โครงสร้าง PIE ได้รับการออกแบบโดยใช้ยีน T4 td หรือยีนสารตั้งต้น tRNA คาว และการจัดเรียงมีดังนี้:
RNA อินตรอนและแฟรกเมนต์เอ็กซอนที่รองรับแบ่งออกเป็นสองส่วน (เทอร์มินัล 5' และเทอร์มินัล 3') โดยที่ลำดับเทอร์มินัล 5' จะถูกถ่ายโอนไปยังส่วนท้ายของลำดับเป้าหมาย ลำดับเทอร์มินัล 3 ' จะถูกแทรกเข้าที่ด้านหน้าของ ลำดับเป้าหมาย และลำดับยีนเป้าหมายจะถูกแทรกไว้ตรงกลาง
ภายใต้การเร่งปฏิกิริยาของ GTP โครงสร้าง PIE จะนำไปสู่การหมุนเวียนของลำดับอื่นที่ไม่ใช่อินตรอน เมื่อรวมกับกลยุทธ์การเพิ่มอัตราการเป็นวงรอบอย่างสมเหตุสมผล Yaohai Bio-Pharma จะสามารถบรรลุการวนรอบของลำดับได้สูงสุดถึง 4 kb ด้วยอัตราการเป็นวงรอบมากกว่า 80%
รูปที่ 1 การไหลเวียน ในหลอดทดลอง ของ circRNA ตามระบบ PIE
กระบวนการ | บริการเสริม | รายละเอียดบริการ | ระยะเวลาจัดส่ง (วันทำการ) |
การออกแบบลำดับ circRNA และการเพิ่มประสิทธิภาพ | การออกแบบและการเพิ่มประสิทธิภาพลำดับการเข้ารหัส | การจัดตำแหน่งลำดับ CDS การเพิ่มประสิทธิภาพรหัส CDS | 1 |
การออกแบบและการเพิ่มประสิทธิภาพของลำดับที่ไม่เข้ารหัส | การออกแบบและการเพิ่มประสิทธิภาพลำดับอินตรอนและเอ็กซอน การออกแบบลำดับแขนที่คล้ายคลึงกันและการเพิ่มประสิทธิภาพ การออกแบบลำดับและการเพิ่มประสิทธิภาพของตัวเว้นวรรค | 1-2 |
ส่วนประกอบ CircRNA | ฟังก์ชั่นทางชีวภาพ | กลยุทธ์การเพิ่มประสิทธิภาพ | |
ลำดับอินตรอนและเอ็กซอนสองเทอร์มินัล | การประกบตัวเองของอินตรอนที่เร่งปฏิกิริยาด้วย GTP สำหรับการหมุนเวียนของลำดับภายนอกอินตรอน | ออกแบบตามยีน T4 td หรือยีน tRNA precursor ของน้ำมันปลา | |
การเข้ารหัส | ไอเรส | ไซต์การจดจำไรโบโซมภายในที่ควบคุมการแปล circRNA | การคัดกรองลำดับไซต์ไรโบโซมภายใน (IRES) จากแหล่งไวรัสต่างๆ เช่น แหล่ง EMCV, CVB3 |
CDS | บริเวณที่กำหนดรหัสโปรตีน, ลำดับที่กำหนดรหัสสำหรับแอนติเจน, แอนติบอดีหรือโปรตีนเชิงฟังก์ชันอื่นๆ | การเพิ่มประสิทธิภาพ Codon ช่วยเพิ่มระดับการแปล โคดอนที่ไม่เหมาะสมบางตัวอาจมีบทบาทในการพับโปรตีน | |
ไม่ใช่การเข้ารหัส | ลำดับที่ไม่เข้ารหัส | กำหนดเป้าหมาย miRNA หรือโปรตีนเพื่อออกแรงควบคุมยีนหรือโปรตีน | การกำหนดเป้าหมายตำแหน่งการจับเฉพาะสำหรับ miRNA หรือโปรตีนสามารถทำซ้ำลำดับของตำแหน่งการจับได้ |
Yaohai Bio-Pharma เปิดตัวผลิตภัณฑ์ควบคุม circRNA ของโปรตีนเรืองแสงสีเขียว (eGFP) ที่ปรับปรุงใหม่ ซึ่งใช้ระบบ PIE เพื่อให้เกิดไซคลิกไลเซชันของ RNA
การใช้รีเอเจนต์การทรานส์เฟกชันแบบธรรมดา eGFP circRNA จะถูกแปลงร่างเป็นเซลล์ 293T และสามารถตรวจพบสัญญาณฟลูออเรสเซนต์ eGFP (สีเขียว) ได้หลังจาก 24 ชั่วโมง ซึ่งจะเพิ่มขึ้นหลังจาก 48 ชั่วโมง สัญญาณฟลูออเรสเซนต์ยังคงสามารถตรวจพบได้ในวันที่ 7 และวันที่ 14 หลังจากนั้น การแปลงร่าง
การตรวจสอบการแสดงออก ในหลอดทดลอง ของ eGFP circRNA