เกี่ยวกับการเตรียมแบทช์ของพรีเคอร์เซอร์ RNA วิธีที่ใช้กันทั่วไปคือการถอดความในห้องปฏิบัติการ (IVT) การทำปฏิกิริยา IVT ใช้พลาสมิด DNA ที่ถูกตัดเส้นตรงซึ่งมีโปรตีน T7 เป็นเทมเพลต และสังเคราะห์พรีเคอร์เซอร์ RNA โดยใช้ไนโตรไซด์ไตรฟอสเฟต (NTPs) เป็นสารตั้งต้นในสภาพแวดล้อมที่มีโพลิเมอเรส RNA T7
วิธีการหมุนเวียนใน vitro ประกอบด้วยการเชื่อมต่อทางเคมี การเชื่อมต่อด้วยเอนไซม์ และวิธี permuted intron-exon (PIE) การเชื่อมต่อทางเคมีและการเชื่อมต่อด้วยเอนไซม์เหมาะสมสำหรับการหมุนเวียนของ RNA ที่สั้นกว่า เมื่อชิ้นส่วนมีขนาดใหญ่กว่า 100 nt อัตราการหมุนเวียนจะลดลงอย่างมาก ในทางกลับกัน วิธีการใช้ nuclease ที่พัฒนาจากระบบ PIE สามารถทำให้เกิดการหมุนเวียนของลำดับความยาว 8 kb ได้
ภายใต้การเร่งปฏิกิริยาโดย guanosine triphosphate (GTP) โครงสร้าง PIE จะเกิดการหมุนเวียนของลำดับ extra-intron โดยการรวมกลยุทธ์ที่เหมาะสมเพื่อเพิ่มอัตราการหมุนเวียน Yaohai Bio-Pharma สามารถทำให้เกิดการหมุนเวียนของลำดับความยาวถึง 4 kb ได้ โดยมีประสิทธิภาพในการหมุนเวียนมากกว่า 80%
ปฏิกิริยาการหมุนเวียนของ RNA ใน vitro เกิดขึ้นตามลำดับดังนี้:
สารก่อนหน้าของ RNA ถูกสังเคราะห์โดยการถอดแบบใน vitro และองค์ประกอบ PIE จะเสร็จสมบูรณ์ด้วยการตัดตัวเองภายใต้การเร่งปฏิกิริยาโดย GTP เพื่อสร้าง circRNA
กระบวนการ | รายละเอียดบริการ | ระยะเวลาส่งมอบ (วันทำงาน) |
การถอดรหัสในหลอดทดลองและการหมุนเวียน | การยืนยันระบบปฏิกิริยา | 1-2 |
ปฏิกิริยาการถอดแบบดีเอ็นเอในหลอดทดลองและการหมุนเวียน | ||
การย่อยด้วย RNase R | ||
การปรับแต่งปฏิกิริยา | องค์ประกอบของปฏิกิริยา การเพิ่มประสิทธิภาพเวลา | 2-5 |
สามารถทำให้ RNA หมุนเวียนได้สูงสุด 4 kb。
สามารถบรรลุอัตราการหมุนเวียนมากกว่า 80% ผ่านกลยุทธ์การปรับลำดับที่เหมาะสม;
ผ่านการควบคุม RNases ในสภาพแวดล้อมการทดลองและอุปกรณ์ใช้แล้วทิ้งอย่างเข้มงวด การเสื่อมสภาพของ RNA จึงถูกป้องกันอย่างมีประสิทธิภาพ
การหมุนเวียนและการเสริมสร้าง circRNA ในหลอดทดลอง
บนพื้นฐานของระบบ PIE Yaohai Bio-Pharma ได้ปรับปรุงลำดับของ circRNA โดยมีอัตราการหมุนเวียนมากกว่า 80% จากการแยกด้วยเจลอะแกโรส (AGE) โดยใช้ RNase R เพื่อเสริมสร้าง circRNA ผลลัพธ์จากการแยกด้วย E-gel แสดงให้เห็นว่า RNA ต้นแบบเชิงเส้นถูกย่อย และหลังจากทำการฟอกคราบเพิ่มเติม ส่วนใหญ่ของ circRNA ที่มีรอยตัดสามารถถูกลบออกได้ สารละลายสำหรับการฟอกคราบถูกพัฒนาขึ้นเองโดย Yaohai Bio-Pharma
การหมุนเวียนและการเสริมสร้าง circRNA ในหลอดทดลอง