Yaohai Bio-Pharma готовит циркРНК на основе системы PIE (выравнивание экзонов и интронов), которая опирается на функцию самосплайсинга интронов типа I для достижения циклизации РНК. Структура PIE разработана с использованием гена T4 td или гена-предшественника рыбьей тРНК, и ее расположение выглядит следующим образом:
Интрон РНК и фрагмент поддерживающего экзона разделены на две части (5'-концевую и 3'-концевую), при этом 5'-концевая последовательность переносится в хвост целевой последовательности, 3'-концевая последовательность вставляется в переднюю часть. целевую последовательность, и целевую последовательность гена вставляют в середину.

Под катализом GTP структура PIE приводит к циклизации последовательностей, отличных от интронов. В сочетании с разумной стратегией повышения скорости циклизации Yaohai Bio-Pharma может достичь циклизации последовательностей длиной до 4 т.п.н. со скоростью циклизации более 80%.

Рисунок 1. Циркуляция циркРНК in vitro на основе системы PIE.
Подробности об услугах
Разработка |
Дополнительная услуга |
Сервис Подробнее |
Срок доставки (рабочий день) |
дизайн и оптимизация последовательности циркРНК |
Проектирование и оптимизация последовательностей кодирования |
Выравнивание последовательности CDS
Оптимизация кодонов CDS
|
1 |
Проектирование и оптимизация некодирующих последовательностей |
Дизайн и оптимизация последовательностей интронов и экзонов
Разработка и оптимизация гомологичной последовательности плеч
Разработка и оптимизация спейсерной последовательности
|
1-2 |
Общие стратегии проектирования последовательностей мРНК
Компоненты CircRNA |
Биологические функции |
Стратегии оптимизации |
Двухконцевые последовательности интронов и экзонов |
GTP-катализируемый самосплайсинг интрона для циклизации последовательностей вне интрона. |
Разработан на основе гена T4 td или гена-предшественника тРНК рыбьего жира. |
Кодирование |
ИРЭС |
Внутренний сайт узнавания рибосомы, регулирующий трансляцию циркРНК. |
Скрининг последовательностей внутреннего сайта входа рибосомы (IRES) из различных вирусных источников, например источников EMCV, CVB3. |
CDS |
Белкокодирующие области, последовательности, кодирующие антигены, антитела или другие функциональные белки. |
Оптимизация кодонов повышает уровень трансляции; некоторые неоптимальные кодоны могут играть роль в сворачивании белка. |
Некодирование |
Некодирующие последовательности |
Нацеливайтесь на микроРНК или белки для осуществления регуляции генов или белков. |
Нацеливание на специфические сайты связывания микроРНК или белков может повторять последовательности сайта связывания. |
Наши функции
- Оптимизированная система циклизации PIE Сочетание с разумными стратегиями оптимизации для достижения уровня циклизации более 80%;
- Передовая группа по оптимизации CDS. Сотрудничество с профессиональной командой алгоритмов искусственного интеллекта для завершения оптимизации кодонов региона CDS;
- Зрелый и совершенный процесс циркРНК может быть достигнут с высокой эффективностью циклизации, высокой стабильностью и высокой эффективностью трансляции.
Пример
Yaohai Bio-Pharma выпустила контрольный продукт, усиленный зеленым флуоресцентным белком (eGFP) circRNA, который основан на системе PIE для достижения циклизации РНК.
Используя обычный реагент для трансфекции, циркРНК eGFP трансфицируется в клетки 293T, и флуоресцентный сигнал eGFP (зеленый) может быть обнаружен через 24 часа, который будет усиливаться через 48 часов. Флуоресцентный сигнал все еще можно обнаружить на 7-й день и 14-й день после трансфекция.

Проверка экспрессии in vitro циркРНК eGFP