Yaohai Bio-Pharma разрабатывает circRNA на основе системы PIE (соотношение экзонов и интронов), которая полагается на самосплайсинговую функцию типа I интронов для достижения циклизации РНК. Структура PIE проектируется с использованием гена T4 td или предшественника тРНК рыбы, и расположение выглядит следующим образом:
Интрон РНК и поддерживающий фрагмент экзона делятся на две части (5' терминал и 3' терминал), где последовательность 5' терминала переносится в конец целевой последовательности, последовательность 3' терминала вставляется перед целью, а целевая последовательность гена вставляется посередине.
Под катализом ГТФ структура PIE приводит к циклизации последовательностей, кроме интронов. В сочетании с рациональной стратегией повышения скорости циклизации Yaohai Bio-Pharma может достичь циклизации последовательностей до 4 кб с коэффициентом циклизации более 80%.
Рисунок 1. Циркуляция circRNA in vitro на основе системы PIE
Детали услуг
| Процесс |
Необязательные услуги |
Детали услуги |
Срок доставки (рабочий день) |
| проектирование и оптимизация последовательности circRNA |
Проектирование и оптимизация кодирующих последовательностей |
Сравнение последовательностей CDS
Оптимизация кодонов CDS
|
1 |
| Проектирование и оптимизация некодирующих последовательностей |
Проектирование и оптимизация последовательностей интронов и экзонов
Проектирование и оптимизация последовательности гомологичных участков
Проектирование и оптимизация последовательности спейсера
|
1-2 |
Общие стратегии для дизайна последовательности mRNA
| Компоненты циркРНК |
Биологические функции |
Стратегии оптимизации |
| Двухтерминальные интроновые и экзоновые последовательности |
Самоудаление интрона, катализируемое GTP, для циклизации последовательностей вне интрона. |
Спроектировано на основе гена T4 td или предшественника тРНК рыбьего жира. |
| Кодирование |
IRES |
Внутренний сайт распознавания рибосомы, регулирующий перевод circRNA. |
Экспресс-экранинг последовательностей внутренних сайтов входа рибосомы (IRES) из различных вирусных источников, например, EMCV, CVB3 источников. |
| CDS |
Регионы кодирования белков, последовательности, кодирующие антигены, антитела или другие функциональные белки. |
Оптимизация кодонов увеличивает уровень трансляции; некоторые неоптимальные кодоны могут играть роль в складывании белка. |
| Некодирующие |
Некодирующие последовательности |
Целевые микроРНК или белки для осуществления регуляции генов или белков. |
Целевое определение специфических сайтов связывания для микроРНК или белков может повторять последовательности этих сайтов связывания. |
Наши особенности
- Оптимизированная система циклизации PIE с разумными стратегиями оптимизации для достижения уровня циклизации более 80%;
- Сотрудничество передовой команды по оптимизации CDS с профессиональной командой алгоритмов ИИ для завершения оптимизации кодонов области CDS;
- Зрелый и совершенный процесс circRNA может быть достигнут с высокой эффективностью циклизации, высокой стабильностью и высокой эффективностью трансляции.
Изучение кейса
Yaohai Bio-Pharma выпустила контрольный продукт — улучшенный зеленый флуоресцентный белок (eGFP) circRNA, который основан на системе PIE для достижения циклизации РНК.
Используя обычное трансфекционное реагент, eGFP circRNA трансфицируется в клетки 293T, и через 24 часа можно обнаружить флуоресцентный сигнал eGFP (зеленый), который усиливается через 48 часов. Флуоресцентный сигнал можно обнаружить даже на 7-й и 14-й день после трансфекции.
Валидация экспрессии in vitro для eGFP circRNA
EN
AR
HR
CS
DA
NL
FI
FR
DE
EL
IT
JA
KO
NO
PL
PT
RO
RU
ES
SV
IW
ID
LV
LT
SR
SK
SL
UK
VI
ET
HU
TH
TR
FA
AF
MS
BE
MK
UR
BN
