Yaohai Bio-Pharma priprema circRNA na temelju PIE sustava (poravnanja eksona i introna), što ovisi o samospajajućoj funkciji tipa I introna kako bi se postigla ciklizacija RNA. PIE struktura je dizajnirana pomoću T4 td gene ili ribičkog tRNA prekurzora gene, a raspored je sljedeći:
RNA intron i podržavajući eksonski fragmet su podijeljeni na dvije dijelove (5' terminalni i 3' terminalni), gdje se 5' terminalni niz preseljava na rep ciljnog niza, 3' terminalni niz umetanja ispred ciljnog niza, a ciljni genski niz se umetanja u sredinu.
Pod katalizom GTP-a, PIE struktura vodi do ciklizacije nizova izvan introna. U kombinaciji s razumljivim strategijama poboljšanja stopa ciklizacije, Yaohai Bio-Pharma može postići ciklizaciju nizova duljine do 4 kb sa stopom ciklizacije većom od 80%.
Slika 1. In vitro cirkulacija circRNA temeljena na sistemu PIE
Detalji usluga
| Proces |
Opcionalna usluga |
Detalji usluge |
Rok Izrade (radni dan) |
| dizajn i optimizacija seciranja circRNA |
Dizajn i optimizacija kodirajućih nizova |
Poravnanje CDS niza
Optimizacija kodona CDS
|
1 |
| Dizajn i optimizacija nekodirajućih nizova |
Dizajn i optimizacija intronskih i exonskih nizova
Dizajn i optimizacija homološnih ruku niza
Dizajn i optimizacija spacerskog niza
|
1-2 |
Uobičajene strategije za dizajn mRNA niza
| Komponente CircRNA |
Biološke funkcije |
Strategije optimizacije |
| Nizovi s dva kraja introna i eksona |
GTP-katalizirano samospajanje introna za ciklizaciju nizova izvan introna. |
Dizajnirano prema T4 td genu ili precursornom genu tRNA ribi. |
| Kodiranje |
IRES |
Unutarnji poznati lokus ribozoma koji regulira prijevod circRNA. |
Ekraniranje nizova unutarnjeg mjesta ulaska ribozoma (IRES) iz različitih virusnih izvora, npr. EMCV, CVB3 izvori. |
| CDS |
Regije kodiranja proteina, nizovi koji kodiraju antigene, antitijele ili druge funkcionalne proteine. |
Optimizacija kodona povećava razinu prijevoda; određeni neoptimalni kodoni mogu imati ulogu u savijanju proteina. |
| Nekodirajući |
Nekodirajuće nizove |
Ciljanje miRNA-ova ili proteina radi izvršavanja regulacije gene ili proteina. |
Ciljanje specifičnih veziva za miRNA-ove ili proteine može ponavljati nizove veziva. |
Naše značajke
- Optimizirani sustav PIE ciklizacije kombinirani s razumnim optimizacijskim strategijama da bi se postigla stopa ciklizacije veća od 80%;
- Suradnja s vodećim timom za optimizaciju CDS-a uz profesionalni AI algoritamski tim za dovršetak optimizacije kodona u regiji CDS;
- Dovršeni i savršen proces circRNA može se postići s visokom učinkovitosti ciklizacije, visokom stabilnosti i visokom učinkovitosti prijevoda.
Studija slučaja
Yaohai Bio-Pharma je lansirao kontrolni proizvod pojačan zeleni fluorescentski protein (eGFP) circRNA, koji se temelji na PIE sustavu kako bi se postigla ciklizacija RNA-a.
Korištenjem konvencionalnog reagenta za transfekciju, eGFP circRNA se transficira u 293T stanice, a eGFP (zeleni) fluorescentski signal može se otkriti nakon 24 sata, što će biti pojačano nakon 48 sati. Fluorescentski signal još uvijek može biti otkriven na 7. dan i 14. dan nakon transfekcije.
Validacija izražavanja in vitro eGFP circRNA
EN
AR
HR
CS
DA
NL
FI
FR
DE
EL
IT
JA
KO
NO
PL
PT
RO
RU
ES
SV
IW
ID
LV
LT
SR
SK
SL
UK
VI
ET
HU
TH
TR
FA
AF
MS
BE
MK
UR
BN
