Yaohai Bio-Pharma priprema circRNA na temelju PIE sustava (poravnanje egzona i introna), koji se oslanja na funkciju samospajanja introna tipa I kako bi se postigla ciklizacija RNA. Struktura PIE dizajnirana je korištenjem T4 td gena ili ribljeg tRNA prekursorskog gena, a raspored je sljedeći:
Intron RNA i fragment potpornog egzona podijeljeni su u dva dijela (5' terminal i 3' terminal), gdje se 5' terminalna sekvenca prenosi u rep ciljne sekvence, 3' terminalna sekvenca umeće se u prednji dio ciljna sekvenca, a sekvenca ciljnog gena umetnuta je u sredinu.
Pod katalizom GTP-a, PIE struktura dovodi do ciklizacije sekvenci osim introna. U kombinaciji s razumnom strategijom poboljšanja stope ciklizacije, Yaohai Bio-Pharma može postići ciklizaciju sekvenci do 4 kb sa stopom ciklizacije većom od 80%.
Slika 1. In vitro cirkulacija circRNA na temelju PIE sustava
Pojedinosti o uslugama
| Proces | Dodatna usluga | Pojedinosti usluge | Razdoblje isporuke (radni dan) |
| dizajn i optimizacija sekvence circRNA | Dizajn i optimizacija sekvenci kodiranja | CDS slijed poravnanja Optimizacija CDS kodona | 1 |
| Dizajn i optimizacija nekodirajućih sekvenci | Dizajn i optimizacija sekvenci introna i egzona Dizajn i optimizacija homologne sekvence kraka Dizajn sekvence odstojnika i optimizacija | 1-2 |
Uobičajene strategije za dizajn sekvenci mRNA
| Komponente CircRNA | Biološke funkcije | Strategije optimizacije |
| Dvoterminalne sekvence introna i egzona | Samospajanje introna katalizirano GTP-om za ciklizaciju sekvenci izvan introna. | Dizajnirano prema T4 td genu ili tRNA prekursorskom genu ribljeg ulja. |
| Kodiranje | IRES | Unutarnje mjesto za prepoznavanje ribosoma koje regulira translaciju circRNA. | Probir sekvenci unutarnjeg ribosomskog ulaznog mjesta (IRES) iz različitih virusnih izvora, npr. izvora EMCV, CVB3. |
| CDS | Regije koje kodiraju proteine, sekvence koje kodiraju antigene, antitijela ili druge funkcionalne proteine. | Optimizacija kodona povećava razinu prijevoda; određeni neoptimalni kodoni mogu igrati ulogu u savijanju proteina. |
| Nekodiranje | Nekodirajuće sekvence | Ciljajte miRNA ili proteine kako biste izvršili regulaciju gena ili proteina. | Ciljanje specifičnih veznih mjesta za miRNA ili proteine može ponoviti sekvence veznog mjesta. |
Naše značajke
- Optimizirani PIE ciklizacijski sustav Kombinacija s razumnim strategijama optimizacije za postizanje stope ciklizacije veće od 80%;
- Vrhunski CDS tim za optimizaciju Suradnja s profesionalnim AI algoritamskim timom za dovršetak optimizacije kodona CDS regije;
- Zrela i savršena procesna circRNA može se postići uz visoku učinkovitost ciklizacije, visoku stabilnost i visoku učinkovitost translacije.
Case study
Yaohai Bio-Pharma lansirala je kontrolni proizvod poboljšani zeleni fluorescentni protein (eGFP) circRNA, koji se temelji na PIE sustavu za postizanje ciklizacije RNA.
Upotrebom konvencionalnog transfekcijskog reagensa, eGFP circRNA se transficira u 293T stanice, a eGFP (zeleni) fluorescentni signal može se detektirati nakon 24 sata, koji će se pojačati nakon 48 sati. Fluorescentni signal još uvijek se može detektirati 7. dana i 14. dana nakon transfekcija.
In vitro validacija ekspresije eGFP circRNA
HR
EN
AR
CS
DA
NL
FI
FR
DE
EL
IT
JA
KO
NE
PL
PT
RO
RU
ES
SV
IW
ID
LV
LT
SR
SK
SL
UK
VI
ET
HU
TH
TR
FA
AF
MS
BE
MK
UR
BN
