Yaohai Bio-Pharma sagatavo cirRNS, pamatojoties uz PIE sistēmu (eksonu un intronu saskaņošana), kas balstās uz I tipa intronu pašsavienošanās funkciju, lai panāktu RNS ciklizāciju. PIE struktūra ir veidota, izmantojot T4 td gēnu vai zivju tRNS prekursora gēnu, un izkārtojums ir šāds:
RNS introns un atbalsta eksona fragments ir sadalīti divās daļās (5' termināls un 3' termināls), kur 5' gala secība tiek pārnesta uz mērķa sekvences asti, 3' gala secība tiek ievietota priekšpusē. mērķa secība, un mērķa gēna secība tiek ievietota vidū.
GTP katalīzes rezultātā PIE struktūra noved pie citu, nevis intronu, sekvenču ciklizācijas. Apvienojumā ar saprātīgu ciklizācijas ātruma uzlabošanas stratēģiju Yaohai Bio-Pharma var sasniegt secību ciklizāciju līdz 4 kb ar ciklizācijas ātrumu, kas pārsniedz 80%.
1. attēls. CirRNS cirkulācija in vitro, pamatojoties uz PIE sistēmu
Process | Izvēles pakalpojums | Informācija par pakalpojumu | Piegādes periods (darba diena) |
cirRNS sekvences projektēšana un optimizācija | Kodēšanas secību projektēšana un optimizācija |
CDS secības izlīdzināšana CDS kodona optimizācija |
1 |
Nekodējošo secību projektēšana un optimizācija |
Intronu un eksonu secību projektēšana un optimizācija Homologu roku secības projektēšana un optimizācija Starplikas secības projektēšana un optimizācija |
1-2 |
CircRNA komponenti | Bioloģiskās funkcijas | Optimizācijas stratēģijas | |
Divu terminālu intronu un eksonu sekvences | GTP katalizēta intronu pašsavienošanās sekvenču ciklizācijai ārpus introna. | Izstrādāts pēc T4 td gēna vai zivju eļļas tRNS prekursora gēna. | |
Kodēšana | IRES | Iekšējā ribosomu atpazīšanas vieta, kas regulē cirRNS translāciju. | Iekšējās ribosomu ievades vietas (IRES) sekvenču skrīnings no dažādiem vīrusu avotiem, piemēram, EMCV, CVB3 avotiem. |
CDS | Olbaltumvielas kodējošie reģioni, sekvences, kas kodē antigēnus, antivielas vai citus funkcionālus proteīnus. | Kodonu optimizācija paaugstina tulkošanas līmeni; dažiem neoptimāliem kodoniem var būt nozīme olbaltumvielu locīšanas procesā. | |
Nekodēšana | Nekodēšanas sekvences | Mērķējiet uz miRNS vai proteīniem, lai veiktu gēnu vai olbaltumvielu regulēšanu. | Mērķēšana uz specifiskām saistīšanās vietām miRNS vai proteīniem var atkārtot saistīšanās vietas sekvences. |
Yaohai Bio-Pharma laida klajā kontroles produktu ar uzlabotu zaļo fluorescējošu proteīnu (eGFP) cirRNS, kas ir balstīts uz PIE sistēmu, lai panāktu RNS ciklizāciju.
Izmantojot parasto transfekcijas reaģentu, eGFP cirRNS tiek transficēts 293T šūnās, un eGFP (zaļais) fluorescējošo signālu var noteikt pēc 24 stundām, kas tiks pastiprināts pēc 48 stundām. Fluorescējošu signālu joprojām var noteikt 7. dienā un 14. dienā pēc transfekcija.
eGFP cirRNS in vitro ekspresijas validācija