Az RNA-prekurzorok tételkészítésének kapcsán gyakran használt módszer az in vitro transkripció (IVT). Az IVT-reakció lineáris plazmid-DNAT használ, amely tartalmazza a T7 promotorot sablonnak, és nukleozid trifoszfátokat (NTP-k) használva mint anyagforrás a T7 RNA polimeráz jelenléte esetén.
A vitro ciklizációs módszerek közé tartoznak a kémiai összekapcsolás, az enzimatikus összekapcsolás és a permutált intron-exon (PIE) módszer. A kémiai összekapcsolás és az enzimatikus összekapcsolás alkalmasabb rövidebb RNA-k ciklizálására. Ha a fragment hosszabb 100 nukleotidnál, a ciklizációs sebesség jelentősen csökken. Ellenben, a PIE rendszeren alapuló nukleáz módszer képes 8 kb-s sorozatok ciklizálására.
Guanoszintrifoszfát (GTP) katalízis alatt a PIE szerkezet extrínzis intron-sorozatok ciklizálását végezi el. Egy megfelelő stratégiával való kombinálás esetén a Yaohai Bio-Pharma fel tudja gyorsítani a ciklizálást, és akár 4 kb-es sorozatok ciklizálására is képes, amelynek hatékonysága több mint 80%-os.
Az RNA vitro ciklizációs reakció úgy zajlik le:
Az RNA-előd anyagot vitro transzkripcióval szintézizik, és a PIE komponens GTP-katalízis alatt teljesíti az önösszekapcsolódást, hogy circRNA-t alkosson.
A folyamat | Szolgáltatás részletei | Szállítási Idő (munkanap) |
In vitro transkripció és cirkuláció | Reakciós rendszer megerősítése | 1-2 |
In vitro transkripció és ciklizációs reakciók | ||
RNase R feloldás | ||
Reakció optimalizálása | Reakció összetétele, időoptimalizálás | 2-5 |
Legfeljebb 4 kb RNA ciklizáció elérhető.
Tömegsebéses sorozati optimalizálási stratégiával több mint 80%-os ciklizációs arány elérhető.
A kísérleti környezet és az egyédszerelvényekben lévő RNázok szigorú ellenőrzésével hatékonyan elkerülhető az RNA degradáció.
In vitro ciklizáció és berendezés circRNA-ra
A PIE rendszer alapján a Yaohai Bio-Pharma optimalizálta a circRNA sorozatát, amelynek ciklizációs aránya meghaladja az 80%-ot agározgelelektrófózissel (AGE). A RNase R alkalmazásával a circRNA-t berendezik, az E-gel elektrófózis eredményei szerint a lineáris RNA-prekurzor megvan, és további feldarabolás után a legtöbb körüli circRNA el lehet távolítani. A tisztítási oldatot a Yaohai Bio-Pharma fejlesztette ki önállóan.
In vitro cirkuláció és berendezés circRNA-ra