در مورد تهیه دستهای پیشزمینههای RNA، روش متداولی که استفاده میشود ترانسکریپشون در محیط غیرزنده (IVT) است. واکنش IVT از DNA پلاسمید خطی که شامل پروموتر T7 است به عنوان الگو استفاده میکند و با وجود پلیمراز RNA نوع T7، پیشزمینه RNA را با استفاده از نوکلئوزید تریفسفاتها (NTPs) به عنوان زیربنه سنتز میکند.
روشهای دورهگردانی در محیط غیرزنده شامل جذب شیمیایی، جذب انزیمی و روش اینترون-اکسون جابهجاییشده (PIE) هستند. جذب شیمیایی و انزیمی برای دورهگردانی RNAهای کوتاهتر مناسب هستند. وقتی قطعه بزرگتر از 100 nt باشد، نرخ دورهگردانی به طور قابل ملاحظهای کاهش مییابد. به طور مخالف، روش نوکلئاز مبتنی بر سیستم PIE میتواند دورهگردانی دنبالههای 8 کیلوباس را انجام دهد.
تحت کاتالیز گوانوزین تری فسفات (GTP)، ساختار PIE چرخهای شدن دنبههای اضافی اینترون را انجام میدهد. با ترکیب با استراتژی منطقی برای افزایش نرخ چرخهای شدن، Yaohai Bio-Pharma میتواند چرخهای شدن توالیهای تا ۴ کیلوباز را با کارایی چرخهای شدن بیش از ۸۰٪ به دست آورد.
واکنش چرخهای شدن RNA در محیط in vitro به صورت زیر جریان مییابد:
پیشساز RNA توسط نوشتار in vitro سنتز میشود و مؤلفه PIE تحت کاتالیز GTP خودراهنمایی را تکمیل میکند تا circRNA را تشکیل دهد.
فرآیند | جزئیات خدمات | دوره تحویل (روز کاری) |
ترانسکریپشون در محیط بیرونی و گردش | تایید سیستم واکنش | ۱-۲ |
واکنشهای ترانسکریپشون در محیط بیرونی سلول و سیکلیزاسیون | ||
هضم RNase R | ||
بهینهسازی واکنش | ترکیب واکنش، بهینهسازی زمان | 2 تا 5 |
تا ۴ کیلوبایت از توالی RNA میتواند در حلقه بسته شود.
میزان حلقهبندی بیش از ۸۰٪ از طریق استراتژی بهینهسازی دنباله منطقی قابل دستیابی است.
با نظارت دقیق بر RNases در محیط آزمایشگاهی و مصرفیها، تجزیه RNA به طور مؤثر جلوگیری میشود.
حلقهبندی و غنیسازی circRNA در محیط بیرونی سلول
بر اساس سیستم PIE، شرکت Yaohai Bio-Pharma دنباله circRNA را بهینهسازی کرده است، با نرخ حلقهبندی بیش از ۸۰٪ توسط الکتروفورز ژل آگاروز (AGE). با استفاده از RNase R برای غنیسازی circRNA، نتایج الکتروفورز E-gel نشان میدهد که پیشursor RNA خطی هضم شده است و پس از تصفیه بیشتر، بیشتری از circRNAهای ناقص حذف میشوند. محلول تصفیه توسط Yaohai Bio-Pharma خود توسعه یافته است.
چرخش و غنیسازی circRNA در محیط بیرونی سلول