شرکت Yaohai Bio-Pharma با استفاده از سیستم PIE (محاذاه عناصر خارجی و داخلی)، که به تابع خودخود شدن نوع اول از عناصر داخلی بستگی دارد تا چرخه‌بندی RNA را انجام دهد، circRNA را آماده می‌کند. ساختار PIE با استفاده از ژن T4 td یا ژن پیش‌درآمد tRNA ماهی طراحی می‌شود و جایگشت به صورت زیر است:
عناصر داخلی و عناصر حمایتی خارجی به دو قسمت تقسیم می‌شوند (انتها 5' و 3')، که در آن دنباله 5' به انتهای آخر دنباله هدف منتقل می‌شود، دنباله 3' در ابتدای دنباله هدف درج می‌شود و دنباله ژن هدف در وسط قرار می‌گیرد.
تحت کاتالیز GTP، ساختار PIE منجر به سیکل‌بندی دنباله‌هایی غیر از اینترون‌ها می‌شود. ترکیب شده با یک استراتژی تقویت قابل قبول نرخ سیکل‌بندی، Yaohai Bio-Pharma می‌تواند سیکل‌بندی دنباله‌های تا 4 کیلوبیت با نرخ سیکل‌بندی بیش از 80٪ را انجام دهد.
شکل 1. سیکل‌بندی درون زیستی circRNA بر اساس سیستم PIE
جزئیات خدمات
| فرآیند |
سرویس اختیاری |
جزئیات خدمات |
دوره تحویل (روز کاری) |
| طراحی و بهینه‌سازی دنباله circRNA |
طراحی و بهینه‌سازی دنباله‌های کدگذاری |
هماهنگی دنباله CDS
بهینه‌سازی کدون CDS
|
1 |
| طراحی و بهینه‌سازی توالی‌های غیر کدگذار |
طراحی و بهینه‌سازی دنباله‌های اینترون و اکسون
طراحی و بهینه‌سازی دنباله‌های آرم هم‌خاستگی
طراحی و بهینه‌سازی دنباله‌های فاصله‌دار
|
۱-۲ |
روش‌های معمول برای طراحی دنباله mRNA
| مؤلفات CircRNA |
توابع زیستی |
روش‌های بهینه‌سازی |
| دنباله‌های اینترون و اکسون دوسری |
اسپلایسینگ خودکار اینترون توسط GTP برای چرخه‌بندی دنباله‌های بیرونی اینترون. |
بر اساس ژن T4 td یا ژن پیش‌درونکسوی روغن ماهی طراحی شده است. |
| برنامه‌نویسی |
IRES |
موقعیت تشخیص ریبوزوم داخلی که ترجمهٔ circRNA را تنظیم می‌کند. |
프로그ینگ دنباله‌های محل ورود ریبوزوم داخلی (IRES) از منابع ویروسی مختلف، مثلاً EMCV، منابع CVB3. |
| CDS |
منطقه‌های کدکننده پروتئین، دنباله‌های کدکننده برای آنتیژن‌ها، آنتی بادی‌ها یا سایر پروتئین‌های عملکردی. |
بهینه‌سازی کدون افزایش میزان ترجمه را به دست می‌دهد؛ برخی کدون‌های غیر بهینه ممکن است در جمع‌آوری پروتئین نقش داشته باشند. |
| غیر کدکننده |
دنباله‌های غیر کدکننده |
تنظیم میکروRNA یا پروتئین‌ها برای اعمال تنظیم ژن یا پروتئین. |
هدف گیری سایت های بندایش خاص برای miRNAs یا پروتئین ها می تواند از تکرار دنباله های سایت بندایش استفاده کند. |
ویژگی‌های ما
- سیستم ترکیب سیکلیزاسیون PIE بهینه شده با استراتژی های منطقی بهینه سازی برای دستیابی به نرخ سیکلیزاسیون بیش از 80٪؛
- همکاری تیم بهینه سازی CDS جدیدترین با تیم الگوریتم هوش مصنوعی حرفه ای برای کامل کردن بهینه سازی کدون های ناحیه CDS؛
- فرآیند آماده و کامل circRNA می تواند با کارایی بالا در سیکلیزاسیون، پایداری بالا و کارایی ترجمه بالا دستیابی شود.
مطالعه موردی
Yaohai Bio-Pharma محصول کنترل پروتئین فلوrescent سبز تقویت شده (eGFP) circRNA را معرفی کرد، که بر اساس سیستم PIE برای دستیابی به سیکلیزاسیون RNA است.
استفاده از عامل انتقال معمولی، eGFP circRNA در سلول های 293T منتقل می شود و سیگنال فلوrescent (سبز) eGFP پس از 24 ساعت قابل تشخیص است و پس از 48 ساعت تقویت می شود. سیگنال فلوrescent حتی در روز هفتم و روز چهاردهم پس از انتقال قابل تشخیص است.
اعتبارسنجی بیان in vitro eGFP circRNA
FA
EN
AR
HR
CS
DA
NL
FI
FR
DE
EL
IT
JA
KO
NO
PL
PT
RO
RU
ES
SV
IW
ID
LV
LT
SR
SK
SL
UK
VI
ET
HU
TH
TR
AF
MS
BE
MK
UR
BN
