با توجه به آماده سازی دسته ای پیش سازهای RNA، یک روش رایج مورد استفاده رونویسی در شرایط آزمایشگاهی (IVT) است. واکنش IVT از DNA پلاسمید خطی شده حاوی پروموتر T7 به عنوان الگو استفاده می کند و یک پیش ساز RNA را با تری فسفات های نوکلئوزیدی (NTPs) به عنوان سوبسترا در حضور RNA پلیمراز T7 سنتز می کند.
روشهای چرخهسازی آزمایشگاهی شامل بستن شیمیایی، بستن آنزیمی و روش اینترون اگزون جایگشته (PIE) است. بستن شیمیایی و بستن آنزیمی برای چرخه سازی RNA های کوتاهتر مناسب هستند. هنگامی که قطعه بزرگتر از 100 nt باشد، سرعت چرخه شدن به شدت کاهش می یابد. در مقابل، روش نوکلئاز مبتنی بر سیستم PIE میتواند به چرخهسازی توالیهای 8 کیلوبایتی دست یابد.
تحت کاتالیز گوانوزین تری فسفات (GTP)، ساختار PIE تحت چرخهسازی توالیهای خارج از اینترون قرار میگیرد. Yaohai Bio-Pharma همراه با یک استراتژی معقول برای افزایش نرخ چرخهسازی، میتواند به چرخهسازی تا 4 کیلوبایت توالی با بازده چرخهسازی بیش از 80 درصد دست یابد.
واکنش چرخهسازی در شرایط آزمایشگاهی RNA به شرح زیر است:
پیشساز RNA با رونویسی آزمایشگاهی سنتز میشود و جزء PIE تحت کاتالیز GTP برای تشکیل circRNA، خود به هم متصل میشود.
روند | جزئیات خدمات | مدت تحویل (روز کاری) |
رونویسی و گردش در شرایط آزمایشگاهی | تایید سیستم واکنش | 1-2 |
واکنشهای رونویسی و چرخهسازی در شرایط آزمایشگاهی | ||
هضم RNase R | ||
بهینه سازی واکنش | ترکیب واکنش، بهینه سازی زمان | 2-5 |
تا 4 کیلوبایت چرخه RNA را می توان به دست آورد.
نرخ چرخه سازی بیش از 80% را می توان از طریق یک استراتژی بهینه سازی توالی منطقی به دست آورد.
از طریق کنترل دقیق RNaseها در محیط آزمایشی و مواد مصرفی، به طور موثری از تخریب RNA جلوگیری می شود.
چرخهسازی آزمایشگاهی و غنیسازی circRNA
بر اساس سیستم PIE، Yaohai Bio-Pharma توالی circRNA را با نرخ چرخه سازی بیش از 80٪ توسط الکتروفورز ژل آگارز (AGE) بهینه کرده است. با استفاده از RNase R برای غنیسازی circRNA، نتایج الکتروفورز ژل E نشان میدهد که پیشساز RNA خطی هضم میشود، و پس از خالصسازی بیشتر، میتوان بیشتر circRNA را حذف کرد. محلول تصفیه توسط Yaohai Bio-Pharma ساخته شده است.
گردش in vitro و غنی سازی circRNA