Yaohai Bio-Pharma circRNA را بر اساس سیستم PIE (هم ترازی اگزون ها و اینترون ها) آماده می کند که برای رسیدن به چرخه سازی RNA به عملکرد خود جوشی اینترون های نوع I متکی است. ساختار PIE با استفاده از ژن T4 td یا ژن پیشساز tRNA ماهی طراحی شده است و ترتیب آن به شرح زیر است:
اینترون RNA و قطعه اگزون پشتیبان به دو قسمت (ترمینال 5' و ترمینال 3') تقسیم می شوند، جایی که توالی انتهایی 5' به دم دنباله هدف منتقل می شود، دنباله انتهایی 3' در قسمت جلویی قرار می گیرد. توالی هدف، و توالی ژن هدف در وسط درج شده است.
تحت کاتالیز GTP، ساختار PIE منجر به چرخهسازی توالیهایی غیر از اینترون میشود. Yaohai Bio-Pharma همراه با یک استراتژی افزایش معقول نرخ چرخهسازی، میتواند به چرخهسازی توالیهایی تا 4 کیلوبایت با نرخ چرخهسازی بیش از 80 درصد دست یابد.
شکل 1. گردش in vitro circRNA بر اساس سیستم PIE
روند | خدمات اختیاری | جزئیات خدمات | مدت تحویل (روز کاری) |
طراحی و بهینه سازی توالی circRNA | طراحی و بهینه سازی توالی کدنویسی | هم ترازی توالی CDS بهینه سازی کدون CDS | 1 |
طراحی و بهینه سازی توالی های غیر کد کننده | طراحی و بهینه سازی توالی اینترون و اگزون طراحی و بهینه سازی توالی بازوی همولوگ طراحی و بهینه سازی توالی Spacer | 1-2 |
اجزای CircRNA | توابع بیولوژیکی | استراتژی های بهینه سازی | |
توالی های دو ترمینالی اینترون و اگزون | خودپیچیدن اینترون کاتالیز شده با GTP برای چرخهسازی توالیهای خارج از اینترون. | با توجه به ژن T4 td یا ژن پیش ساز tRNA روغن ماهی طراحی شده است. | |
برنامه نویسی | IRES | محل تشخیص ریبوزوم داخلی که ترجمه circRNA را تنظیم می کند. | غربالگری توالی های سایت ورودی ریبوزوم داخلی (IRES) از منابع مختلف ویروسی، به عنوان مثال منابع EMCV، CVB3. |
CDS | مناطق کد کننده پروتئین، توالی هایی که آنتی ژن ها، آنتی بادی ها یا سایر پروتئین های کاربردی را کد می کنند. | بهینه سازی کدون سطح ترجمه را افزایش می دهد. برخی از کدون های غیر بهینه ممکن است در تاخوردگی پروتئین نقش داشته باشند. | |
غیر کد نویسی | توالی های غیر کد کننده | برای اعمال تنظیم ژن یا پروتئین، miRNA ها یا پروتئین ها را هدف قرار دهید. | هدف قرار دادن مکان های اتصال خاص برای miRNA ها یا پروتئین ها می تواند توالی های محل اتصال را تکرار کند. |
Yaohai Bio-Pharma محصول کنترلی پروتئین فلورسنت سبز (eGFP) circRNA را عرضه کرد که بر اساس سیستم PIE برای رسیدن به چرخهسازی RNA است.
با استفاده از یک معرف ترانسفکشن معمولی، eGFP circRNA به سلولهای 293T ترانسفکت میشود، و سیگنال فلورسنت eGFP (سبز) را میتوان پس از 24 ساعت تشخیص داد که پس از 48 ساعت افزایش مییابد. سیگنال فلورسنت همچنان در روز هفتم و روز چهاردهم پس از آن قابل تشخیص است. ترانسفکشن
اعتبار سنجی بیان in vitro eGFP circRNA