RNA 前駆体のバッチ調製に関しては、一般的に使用されている方法は in vitro 転写 (IVT) です。IVT 反応では、T7 プロモーターを含む線状化プラスミド DNA をテンプレートとして使用し、T7 RNA ポリメラーゼの存在下でヌクレオシド三リン酸 (NTP) を基質として RNA 前駆体を合成します。
インビトロ環化法には、化学ライゲーション、酵素ライゲーション、およびイントロン-エクソン置換 (PIE) 法が含まれます。化学ライゲーションと酵素ライゲーションは、短い RNA の環化に適しています。断片が 100 nt より大きい場合、環化率は大幅に低下します。対照的に、PIE システムに基づくヌクレアーゼ法では、8 kb 配列の環化を実現できます。
グアノシン三リン酸(GTP)の触媒作用により、PIE構造はイントロン外配列の環化を受けます。環化率を高めるための合理的な戦略と組み合わせることで、Yaohai Bio-Pharmaは最大4kbの配列の環化を達成し、環化効率は80%を超えます。
RNA の in vitro 環化反応は次のように進行します。
RNA 前駆体は in vitro 転写によって合成され、PIE 成分は GTP の触媒下で自己スプライシングを完了して circRNA を形成します。
プロセス | サービスの詳細 | 配達期間(平日) |
試験管内転写と循環 | 反応システムの確認 | 1-2 |
試験管内転写および環化反応 | ||
RNase R消化 | ||
反応の最適化 | 反応組成、時間の最適化 | 2-5 |
最大 4 kb の RNA 環化を実現できます。
合理的なシーケンス最適化戦略により、80% を超える環化率を達成できます。
実験環境および消耗品における RNase の厳格な管理により、RNA の劣化が効果的に防止されます。
circRNAのin vitro環化と濃縮
Yaohai Bio-PharmaはPIEシステムに基づいてcircRNAの配列を最適化し、アガロースゲル電気泳動(AGE)による環化率は80%を超えています。RNase Rを使用してcircRNAを濃縮し、Eゲル電気泳動の結果、線状RNA前駆体が消化され、さらに精製すると、切断されたcircRNAの大部分を除去できることが示されました。精製ソリューションは、Yaohai Bio-Pharmaが独自に開発したものです。
試験管内循環とcircRNAの濃縮