בנוגע להכנת סדרות של פרוקסידי RNA, שיטה נפוצה היא הרכבה מחוץ לגוף (IVT). התגובה של IVT משתמשת בDNA פלזמי ליניארי המכיל את המופעל T7 כתבנית והופכת את הפרוקסידי RNA באמצעות נוקליאוטידים טריפוספטיים (NTPs) כsubstrate ובנוכחות הפולימראז T7 RNA.
שיטות ציקליזציה חוץ-גופית כוללות ליגציה כימית, ליגציה אנזימטית ושיטת PIE (Permuted Intron-Exon). ליגציה כימית וליגציה אנזימטית מתאימות לציקליזציה של ARN קצרים יותר. כאשר השברך גדול מ-100 נוקלאוטיד, שיעור הציקליזציה ירד בצורה דרמטית. בניגוד לכך, שיטת ה-nuclease המבוססת על מערכת PIE יכולה להשיג ציקליזציה של סדרות באורך 8 קילו בסיסים.
תחת הקטלזה של טריפוספטט גואנין (GTP), מבנה PIE עובר ציקליזציה של סדרות אקסון חיצוני. יחד עם אסטרטגיה הגיונית להגדלת שיעור הציקליזציה, Yaohai Bio-Pharma יכולה להשיג ציקליזציה של סדרות באורך עד 4 קילו בסיסים, עם יעילות ציקליזציה של יותר מ-80%.
תגובת הציקליזציה החוץ-גופית של RNA זורמת כדלקמן:
הפרוקטור של RNA מסתכלל על ידי תעתוע חוץ-גופי, והרכיב PIE משלים את הספlicing העצמי תחת הקטלזה של GTP כדי ליצור circRNA.
תַהֲלִיך | פרטי שירות | תקופת מסירה (יום עבודה) |
כתיבה ומעגל מחוץ לגוף של circRNA | אישור מערכת תגובה | 1-2 |
תגובות של תעתוע חיצוני וסיקליזציה | ||
הידוש על ידי RNase R | ||
השתלמויות תגובה | תרכובת תגובה, אופטימיזציה של זמן | 2-5 |
ניתן להשיג סיקליזציה של עד 4 קילו-בסיסי RNA.
ניתן להשיג שיעור סיקליזציה של יותר מ-80% באמצעות אסטרטגיה קפדנית להשתלמויות סדר.
באמצעות שליטה חמורה ב-RNases בסביבה התperimentלית והמוצריי одnsumption, הידרוליזה של RNA מונעת בצורה יעילה.
סיבוב וריכוז של circRNA במעבדה
על סמך מערכת PIE, יאוהיי בייו-פארמה שיפרה את הסדרת circRNA, עם תמותה של יותר מ-80% לפי אלקטרופורזה בגליל אגרוז (AGE). באמצעות RNase R לריכוז circRNA, תוצאות אלקטרופורזה של E-gel מראות שה-RNA הקדמי הליניארי נאכל, ובין כך לאחר טיהור נוסף, רוב circRNA המחוספס יכול להוסר. פתרון הטיהור הפותח על ידי יאוהיי בייו-פארמה בעצמו.
סיבוב וריכוז של circRNA במעבדה