לגבי הכנת אצווה של מבשרי RNA, שיטה נפוצה היא שעתוק במבחנה (IVT). תגובת IVT משתמשת ב-DNA של פלסמיד ליניארי המכיל את מקדם T7 כתבנית ומסנתזת מבשר RNA עם טריפוספטים של נוקלאוזידים (NTPs) כמצע בנוכחות T7 RNA פולימראז.
שיטות מחזוריות במבחנה כוללות קשירה כימית, קשירה אנזימטית ושיטת אינטרון-אקסון מתמורה (PIE). קשירה כימית וקשירה אנזימטית מתאימים למחזור של RNA קצרים יותר. כאשר השבר גדול מ-100 nt, קצב המחזור יקטן מאוד. לעומת זאת, שיטת הנוקלאז המבוססת על מערכת PIE יכולה להשיג מחזוריות של רצפים של 8 kb.
תחת קטליזה של גואנוזין טריפוספט (GTP), מבנה ה-PIE עובר מחזוריות של רצפי חוץ-אינטררון. בשילוב עם אסטרטגיה סבירה להגדלת קצב המחזוריות, Yaohai Bio-Pharma יכולה להשיג מחזוריות של עד 4 kb רצפים, עם יעילות מחזור של יותר מ-80%.
תגובת המחזור במבחנה של RNA זורמת באופן הבא:
מבשר ה-RNA מסונתז על ידי שעתוק במבחנה, ורכיב ה-PIE משלים את השחבור העצמי תחת הקטליזה של GTP ליצירת circRNA.
התַהֲלִיך | פרטי השירות | תקופת אספקה (יום עבודה) |
תמלול ומחזור במבחנה | אישור מערכת התגובה | 1-2 |
תגובות שעתוק ומחזוריות במבחנה | ||
עיכול RNase R | ||
אופטימיזציה של תגובה | הרכב תגובה, אופטימיזציה של זמן | 2-5 |
ניתן להשיג עד 4 kb של מחזור RNA.
ניתן להשיג שיעור מחזוריות של יותר מ-80% באמצעות אסטרטגיית אופטימיזציה רציונלית של רצף.
באמצעות בקרה קפדנית של RNases בסביבת הניסוי ובחומרים מתכלים, פירוק RNA נמנע ביעילות.
מחזוריות במבחנה והעשרה של circRNA
בהתבסס על מערכת PIE, Yaohai Bio-Pharma עשתה אופטימיזציה לרצף של circRNA, עם קצב מחזוריות של יותר מ-80% על ידי אלקטרופורזה של agarose gel (AGE). שימוש ב-RNase R להעשרת circRNA, תוצאות אלקטרופורזה של E-gel מראות כי מבשר ה-RNA הליניארי מתעכל, ולאחר טיהור נוסף, ניתן להסיר את רוב ה-circRNA החצוב. תמיסת הטיהור פותחה בעצמה על ידי Yaohai Bio-Pharma.
זרימת מבחנה והעשרה של circRNA