Yaohai Bio-Pharma рыхтуе circRNA на аснове сістэмы PIE (выраўноўванне экзонаў і інтронаў), якая абапіраецца на функцыю самазрошчвання інтронаў тыпу I для дасягнення цыклізацыі РНК. Структура PIE распрацавана з выкарыстаннем гена T4 td або гена-папярэдніка тРНК, і размяшчэнне наступнае:
Інтрон РНК і апорны фрагмент экзона падзелены на дзве часткі (5'-канцавая і 3'-канцавая), дзе 5'-канцавая паслядоўнасць пераносіцца ў хвост паслядоўнасці-мішэні, а 3'-канцавая паслядоўнасць устаўляецца ў пярэднюю частку мэтавая паслядоўнасць, а паслядоўнасць мэтавага гена ўстаўлена ў сярэдзіну.
Пры каталізе GTP структура PIE прыводзіць да цыклізацыі паслядоўнасцей, акрамя інтронаў. У спалучэнні з разумнай стратэгіяй павышэння хуткасці цыклізацыі Yaohai Bio-Pharma можа дасягнуць цыклізацыі паслядоўнасцей да 4 кб з хуткасцю цыклізацыі больш за 80%.
Малюнак 1. Цыркуляцыя circRNA in vitro на аснове сістэмы PIE
Працэс | Дадатковая паслуга | Падрабязнасці аб паслузе | Тэрмін дастаўкі (працоўны дзень) |
праектаванне і аптымізацыя паслядоўнасці circRNA | Дызайн і аптымізацыя паслядоўнасцей кадавання |
Выраўноўванне паслядоўнасці CDS Аптымізацыя кодона CDS |
1 |
Дызайн і аптымізацыя некадуючых паслядоўнасцей |
Дызайн і аптымізацыя паслядоўнасці інтронаў і экзонаў Дызайн і аптымізацыя гамалагічнай паслядоўнасці рук Праектаванне і аптымізацыя паслядоўнасці спейсераў |
1-2 |
Кампаненты CircRNA | Біялагічныя функцыі | Стратэгіі аптымізацыі | |
Двухканцавыя паслядоўнасці інтронаў і экзонаў | GTP-катализируемый інтрон самосплайсинг для цыклізацыі паслядоўнасцяў па-за інтрона. | Распрацаваны ў адпаведнасці з генам T4 td або генам-папярэднікам тРНК рыбінага тлушчу. | |
Кадаванне | IRES | Унутраны сайт распазнання рыбасомы, які рэгулюе трансляцыю circRNA. | Скрынінг паслядоўнасцей унутранага сайта ўваходу ў рыбасомы (IRES) з розных вірусных крыніц, напрыклад, крыніц EMCV, CVB3. |
CDS | Участкі, якія кадуюць вавёркі, паслядоўнасці, якія кадуюць антыгены, антыцелы або іншыя функцыянальныя вавёркі. | Аптымізацыя Codon павышае ўзровень трансляцыі; некаторыя неаптымальныя кодоны могуць гуляць пэўную ролю ў згортванні бялку. | |
Некадзіраванне | Некадуючыя паслядоўнасці | Нацэліцеся на мікраРНК або вавёркі для рэгуляцыі генаў або бялкоў. | Нацэльванне на пэўныя сайты звязвання мікраРНК або бялкоў можа паўтараць паслядоўнасці сайта звязвання. |
Кампанія Yaohai Bio-Pharma выпусціла кантрольны прадукт, узмоцнены зялёным флуарэсцэнтным бялком (eGFP) circRNA, які заснаваны на сістэме PIE для дасягнення цыклізацыі РНК.
Выкарыстоўваючы звычайны рэагент для трансфекцыі, eGFP circRNA трансфікуецца ў клеткі 293T, і eGFP (зялёны) флуоресцентный сігнал можа быць выяўлены праз 24 гадзіны, які будзе ўзмацняцца праз 48 гадзін. Флуарэсцэнтны сігнал усё яшчэ можа быць выяўлены на 7-ы дзень і на 14-ы дзень пасля трансфекцыя.
In vitro праверка экспрэсіі eGFP circRNA