بالنسبة لإعداد الدفعات من سلفات RNA، فإن الطريقة الأكثر استخدامًا هي النسخ في المختبر (IVT). يستخدم تفاعل IVT الحمض النووي البلازميدي المُستقيم الذي يحتوي على مروِّج T7 كقالب ويقوم بتركيب سلف RNA باستخدام ثلاثيات نوكلوسيدات (NTPs) كمادة خام وفي وجود بوليمراز RNA من نوع T7.
تشمل طرق الدوران في المختبر الترابط الكيميائي، والترابط الإنزيمي وطريقة الجين البيني المقرونة بالموقع (PIE). يناسب الترابط الكيميائي والإنزيمي لدوران الـ RNAs الأقصر. عندما يكون الجزء أكبر من 100 نوكليوتيد، سينخفض معدل الدوران بشكل كبير. بالمقابل، يمكن للطريقة المعتمدة على نظام PIE تحقيق دوران تسلسلات بطول 8 كيلو باز.
تحت تأثير الغوانوسين ثلاثي الفوسفات (GTP)، تخضع البنية PIE للدوران لتسلسلات الجين البيني الإضافية. وبالجمع مع استراتيجية منطقية لزيادة معدل الدوران، يمكن لشركة Yaohai Bio-Pharma تحقيق دوران يصل إلى تسلسلات بطول 4 كيلو باز، بمعدل كفاءة يزيد عن 80%.
يتدفق رد فعل الدوران في المختبر للـ RNA كما يلي:
يتم تركيب المادة الأولية للـ RNA بواسطة النسخ الخارجي، ويقوم العنصر PIE بإكمال عملية الانقسام الذاتي تحت تأثير GTP لتشكيل circRNA.
العملية | تفاصيل الخدمة | فترة التسليم (يوم عمل) |
النسخ في المختبر والدوران | تأكيد نظام الاستجابة | 1-2 |
تفاعلات النسخ الريبي External وتكوين الحلقة | ||
هضم RNase R | ||
تحسين الاستجابة | تكوين الاستجابة، تحسين الوقت | 2-5 |
يمكن تحقيق تحويل الحمض النووي الريبي إلى شكل حلقي يصل إلى 4 كيلو بايت.
يمكن تحقيق معدل تحويل الحلقة يزيد عن 80% من خلال استراتيجية تحسين متسلسلة معقولة.
من خلال التحكم الصارم في إنزيمات RNase في بيئة التجربة والمواد المستهلكة، يتم منع تحلل الحمض النووي الريبي بشكل فعال.
التحوير الدائري والتثريخ في البيئة المعملية لـ circRNA
بناءً على نظام PIE، قامت شركة Yaohai Bio-Pharma بتحسين تسلسل الحمض النووي الريبوزي الدائري (circRNA)، حيث بلغت نسبة التحويل الدوري أكثر من 80% باستخدام تقنية التحليل الكهربائي للجيلاتين الأغاري (AGE). باستخدام إنزيم RNase R لتثريخ circRNA، تظهر نتائج تحليل E-gel أن المادة الوراثية RNA الخطية تم هضمها، وبعد التطهير الإضافي، يمكن إزالة معظم circRNA المقطوعة. وتم تطوير حلاوة التطهير ذاتيا بواسطة Yaohai Bio-Pharma.
الدوران والتثريخ في البيئة المعملية لـ circRNA