تقوم Yaohai Bio-Pharma بإعداد circRNA بناءً على نظام PIE (محاذاة الأكسونات والإنترونات)، والذي يعتمد على وظيفة الإنصهار الذاتي لإنترونات النوع الأول لتحقيق تدوير RNA. يتم تصميم هيكل PIE باستخدام جين T4 td أو جين سلف tRNA السمكي، ويتم الترتيب كما يلي:
يتم تقسيم الإنترون الريبي وأجزاء الأكسون الداعمة إلى قسمين (نهاية 5' ونهاية 3')، حيث يتم نقل تسلسل نهاية 5' إلى ذيل السلسلة المستهدفة، وتُدرج تسلسل نهاية 3' في بداية السلسلة المستهدفة، ويتم إدراج تسلسل الجين المستهدف في الوسط.
تحت تأثير GTP، يؤدي هيكل PIE إلى تدوير التسلسلات الأخرى غير الـ introns. وبالاقتران مع استراتيجية تعزيز معقولة لسرعة التدوير، يمكن لشركة Yaohai Bio-Pharma تحقيق تدوير للتسلسلات يصل إلى 4 كيلو باس بمعدل تدوير يزيد عن 80%.
الشكل 1. الدوران في المختبر للـ circRNA بناءً على نظام PIE
العملية | خدمات إضافية متاحة | تفاصيل الخدمة | فترة التسليم (يوم عمل) |
تصميم وتحسين تسلسل الـ circRNA | تصميم وتحسين التسلسلات المشفرة |
محاذاة سلسلة CDS تحسين كودون CDS |
1 |
تصميم وتحسين التسلسلات غير المشفرة |
تصميم وتحسين تسلسلات الـ Intron والـ Exon تصميم وتحسين تسلسل الذراع المتجانس تصميم وتحسين تسلسل الفاصل |
1-2 |
مكونات CircRNA | الوظائف البيولوجية | استراتيجيات تحسين | |
تسلسلات الإنترون والإكزون ثنائية الطرف | الإنترون ذاتي الانقسام المحفز بواسطة GTP للتحوير الدوري للتسلسلات خارج الإنترون. | تم تصميمه بناءً على جين T4 td أو جين سلف tRNA لزيت السمك. | |
تشفير | IRES | موقع التعرف الداخلي على الريبوسوم الذي ينظم ترجمة circRNA. | فحص مواقع دخول الريبوسوم الداخلي (IRES) من مصادر فيروسية مختلفة، على سبيل المثال EMCV، مصادر CVB3. |
CDS | مناطق تشفير البروتين، التسلسلات التي تشفير للأجسام المضادة أو المستضدات أو بروتينات وظيفية أخرى. | تحسين الكودون يزيد من مستوى الترجمة؛ قد تلعب بعض الكودونات غير المثلى دورًا في طي البروتين. | |
غير مشفر | التسلسلات غير المشفرة | استهداف miRNAs أو البروتينات لفرض تنظيم للجين أو البروتين. | استهداف مواقع ربط معينة لـ miRNAs أو البروتينات يمكن تكرار تسلسلات موقع الربط. |
أطلقت Yaohai Bio-Pharma منتج التحكم البروتين المضيء الأخضر المعزز (eGFP) circRNA، والذي يعتمد على نظام PIE لتحقيق تدوير RNA.
باستخدام مادة نقل تقليدية، يتم نقل eGFP circRNA إلى خلايا 293T، ويمكن الكشف عن الإشارة الفلورية لـ eGFP (الخضراء) بعد 24 ساعة، والتي ستعزز بعد 48 ساعة. يمكن ما زال الكشف عن الإشارة الفلورية في اليوم السابع واليوم الرابع عشر بعد النقل.
التحقق من التعبير في المختبر لـ eGFP circRNA