Yaohai Bio-Pharma готує circRNA на основі системи PIE (вирівнювання екзонів та інтронів), яка спирається на функцію самосплайсингу інтронів типу I для досягнення циклізації РНК. Структура PIE розроблена з використанням гена T4 td або рибного гена-попередника тРНК і виглядає наступним чином:
Інтрон РНК і фрагмент підтримуючого екзону розділені на дві частини (5'-кінцева і 3'-кінцева), де 5'-кінцева послідовність переноситься в хвіст цільової послідовності, 3'-кінцева послідовність вставляється в передню частину цільова послідовність, а послідовність цільового гена вставляється посередині.

Під час каталізу GTP структура PIE призводить до циклізації послідовностей, відмінних від інтронів. У поєднанні з розумною стратегією підвищення швидкості циклізації Yaohai Bio-Pharma може досягти циклізації послідовностей розміром до 4 кб зі швидкістю циклізації понад 80%.

Рисунок 1. Циркуляція circRNA in vitro на основі системи PIE
Деталі послуг
Процес |
Додаткова послуга |
Сервісні деталі |
Термін доставки (робочий день) |
проектування та оптимізація послідовності circRNA |
Проектування та оптимізація послідовностей кодування |
Вирівнювання послідовності CDS
Оптимізація кодонів CDS
|
1 |
Проектування та оптимізація некодуючих послідовностей |
Дизайн та оптимізація послідовності інтронів та екзонів
Дизайн та оптимізація гомологічної послідовності плеча
Розробка та оптимізація послідовності спейсерів
|
1-2 |
Загальні стратегії для проектування послідовності мРНК
Компоненти CircRNA |
Біологічні функції |
Стратегії оптимізації |
Двокінцеві послідовності інтронів і екзонів |
GTP-каталізований самосплайсинг інтронів для циклізації послідовностей поза інтроном. |
Розроблено відповідно до гена T4 td або гена-попередника тРНК риб'ячого жиру. |
Кодування |
IRES |
Внутрішній сайт розпізнавання рибосом, який регулює трансляцію circRNA. |
Скринінг послідовностей внутрішнього сайту входу рибосоми (IRES) з різних вірусних джерел, наприклад джерел EMCV, CVB3. |
CDS |
Ділянки, що кодують білок, послідовності, що кодують антигени, антитіла або інші функціональні білки. |
Оптимізація кодонів підвищує рівень трансляції; певні неоптимальні кодони можуть відігравати роль у згортанні білка. |
Некодування |
Некодуючі послідовності |
Цільові мікроРНК або білки, щоб здійснювати регуляцію генів або білків. |
Націлювання на специфічні сайти зв’язування мікроРНК або білків може повторювати послідовності сайту зв’язування. |
Наші особливості
- Оптимізована система циклізації PIE Поєднання з розумними стратегіями оптимізації для досягнення рівня циклізації понад 80%;
- Передова команда оптимізації CDS Співпраця з командою професійних алгоритмів AI для завершення оптимізації кодонів регіону CDS;
- Зрілу та ідеальну процесну circRNA можна досягти з високою ефективністю циклізації, високою стабільністю та високою ефективністю трансляції.
Вивчення проблеми
Компанія Yaohai Bio-Pharma випустила контрольний продукт — circRNA зеленого флуоресцентного білка (eGFP), який базується на системі PIE для досягнення циклізації РНК.
Використовуючи звичайний реагент для трансфекції, eGFP circRNA трансфікується в клітини 293T, і eGFP (зелений) флуоресцентний сигнал можна виявити через 24 години, який посилиться через 48 годин. Флуоресцентний сигнал все ще можна виявити на 7-й день і на 14-й день після трансфекція.

Перевірка експресії eGFP circRNA in vitro