Čo sa týka dávkovej prípravy RNA prekursorov, bežne používanou metódou je in vitro transkripcia (IVT). Reakcia IVT používa linearizovaný plazmidový DNA obsahujúci T7 promotor ako šablonu a syntetizuje RNA prekursor s nukleozidovými trifosfátami (NTPs) ako substrátom v prítomnosti T7 RNA polymerázy.
Metódy in vitro cyklicitácie zahŕňajú chemickú ligáciu, enzymatickú ligáciu a metódu permutovaného intron-exon (PIE). Chemická ligácia a enzymatická ligácia sú vhodné na cyklicitáciu krátkych RNA. Keď je fragment väčší ako 100 nt, rýchlosť cyklicitácie sa významne zníži. Na oprotíľ, metóda nucléazu založená na systéme PIE dokáže dosiahnuť cyklicitáciu postupností dlhých 8 kb.
Pod katalýzou guanínového trifosfátu (GTP) prechádza PIE štruktúra cyklicitáciou extra-intron postupností. Spolu s rozumnou stratégiou na zvýšenie rýchlosti cyklicitácie môže Yaohai Bio-Pharma dosiahnuť cyklicitáciu postupností až 4 kb s účinnosťou viac než 80 %.
In vitro reakcia cyklicitácie RNA pretečie nasledovne:
Predchodca RNA je syntetizovaný pomocou in vitro transkripcie, a PIE komponent dokončí samosplicing pod katalýzou GTP na formovanie circRNA.
Proces | Podrobnosti služby | Doba dodania (pracovné dni) |
Transkripcia in vitro a cirkulácia | Potvrdenie reakčného systému | 1-2 |
Reakcie transkripcie in vitro a cyklikácie | ||
Trávenie RNase R | ||
Optimalizácia reakcie | Skladba reakcie, optimalizácia času | 2-5 |
Dosažiteľná cyklicita RNA až do 4 kb.
Cyklicitná úspešnosť viac ako 80% sa dá dosiahnuť prostredníctvom rozumného strategického optimalizovania postupnosti.
Ďakovi priebežnej kontrole RNase v experimentálnom prostredí a spotrebách sa účinne prevencia degradácie RNA.
In vitro cyklikácia a obohacenie circRNA
Na základe systému PIE spoločnosť Yaohai Bio-Pharma optimalizovala postup cyklikácie circRNA, pričom úspešnosť cyklikácie je vyššia ako 80% podľa agárového geľového elektroforetického (AGE) testu. Pomocou enzymu RNase R sa obohatí circRNA, a výsledky E-geľovej elektroforetie ukazujú, že lineárna RNA predchadzateľ je rozložená, a po ďalšej čistení môžeme odstrániť väčšinu poškodených circRNA. Čistiaciu látku spoločnosť Yaohai Bio-Pharma vyvinula samostatne.
In vitro cyklikácia a obohacenie circRNA