Во однос на сериската подготовка на РНК прекурсори, најчесто користен метод е ин витро транскрипција (IVT). Реакцијата IVT користи линеаризирана плазмидна ДНК која го содржи промоторот Т7 како шаблон и синтетизира РНК прекурсор со нуклеозидни трифосфати (НТП) како супстрат во присуство на Т7 РНК полимераза.
Ин витро методите на цикализација вклучуваат хемиска лигатура, ензимска лигатура и пермутиран интрон-ексон (PIE). Хемиската и ензимската лигатура се погодни за цикализација на пократки РНК. Кога фрагментот е поголем од 100 nt, стапката на циклизација значително ќе се намали. Спротивно на тоа, методот на нуклеаза базиран на системот PIE може да постигне цикализација на секвенци од 8 kb.
Под катализа на гванозин трифосфат (GTP), структурата на PIE се подложува на циклизирање на екстра-интронските секвенци. Во комбинација со разумна стратегија за зголемување на стапката на циклизација, Yaohai Bio-Pharma може да постигне циклизација до секвенци од 4 kb, со ефикасност на циклизација од повеќе од 80%.
Ин витро циклизационата реакција на РНК тече на следниов начин:
Претходникот на РНК се синтетизира со ин витро транскрипција, а PIE компонентата го комплетира самоспојувањето под катализа на GTP за да формира circRNA.
Процесот на | Детали за услугата | Период на испорака (работен ден) |
Ин витро транскрипција и циркулација | Потврда на системот за реакција | 1-2 |
Ин витро реакции на транскрипција и цикализација | ||
RNase R дигестија | ||
Оптимизација на реакцијата | Состав на реакција, оптимизација на време | 2-5 |
Може да се постигне до 4 kb цикализација на РНК.
Стапката на цикализација од повеќе од 80% може да се постигне преку стратегија за рационална оптимизација на низата.
Преку строга контрола на RNase во експерименталната средина и потрошен материјал, ефикасно се спречува деградацијата на РНК.
Ин витро цикализација и збогатување на circRNA
Врз основа на системот PIE, Yaohai Bio-Pharma ја оптимизира секвенцата на circRNA, со стапка на цикализација од повеќе од 80% со електрофореза на агарозен гел (AGE). Со користење на RNase R за збогатување на циркРНК, резултатите од електрофорезата на Е-гел покажуваат дека линеарната РНК прекурсор се вари, а по понатамошното прочистување, најголемиот дел од пробиената цирцРНК може да се отстрани. Растворот за прочистување е само-развиен од Yaohai Bio-Pharma.
Ин витро циркулација и збогатување на circRNA