За претприемниот приготовување на RNA предшественици, често користена метода е транскрипцијата во vitro (IVT). IVT реакцијата користи линеаризиран плазмиден DNA што содржи T7 промотор како темплат и синтезира RNA предшественик со нуклеозид трифосфати (NTPs) како субстрат во присуство на T7 RNA полимераза.
Методите за циклизација in vitro вклучуваат хемиска лигација, ензимска лигација и метод на пермутирана интрон-екзон (PIE) структура. Хемиската лигација и ензимската лигација се прилагодени за циклизација на кратки РНК молекули. Кога фрагментот е поголем од 100 нт, ратата на циклизација ќе се намали значително. Наспротив, методот со нуклеаза baziran на системот PIE може да постиgne циклизација на секвенци од 8 кб.
Под каталозата на гуанозин трифосфат (GTP), PIE структурата ја извршува циклизацијата на екстра-интрон секвенци. Комбинирано со стратегија за зголемување на ратата на циклизација, Yaohai Bio-Pharma може да постиgne циклизација на секвенци до 4 кб, со ефикасност на циклизација повеќе од 80%.
Реакцијата на циклизација на РНК in vitro протича како што следи:
Претходникот на РНК се синтезира преку транскрипција in vitro, а компонентот PIE завршува со самосплитирање под каталозата на GTP за да формира circRNA.
Процес | Детали за услугата | Период на Издржувачење (работен ден) |
Транскрипција и циркулација во vitro | Потврда на реакциониот систем | 1-2 |
Реакции на Ин Витро Транскрипција и Циклирање | ||
Дигестација со RNase R | ||
Оптимизација на реакцијата | Состав на Реакцијата, Оптимизација на Времетраењето | 2-5 |
Може да се постигне циклирање на РНК до 4 кб.
Преку рационална оптимизација на низата може да се постигне стапка на циклирање од повеќе од 80%.
Преку строга контрола на RNase-овите во експерименталната средина и конзумативите, ефективно се спречува деградацијата на RNA.
Циклизација и обогатување на circRNA in vitro
Базирано на системот PIE, Yaohai Bio-Pharma го оптимизирало низата на circRNA, со процент на циклизација поголем од 80% според агарозна гел електрофореза (AGE). Користејќи RNase R за обогатување на circRNA, резултатите од E-gel електрофорезата покажуваат дека линеарниот RNA предшлесок е дијетилан, а по надворешно чистење, повеќето од цепените circRNA можат да бидат отстранети. Решението за чистење е самостојно развиено од Yaohai Bio-Pharma.
Циркулација и обогатување на circRNA in vitro