Wat die bondelvoorbereiding van RNA-voorlopers betref, is 'n algemeen gebruikte metode in vitro-transkripsie (IVT). Die IVT-reaksie gebruik gelineariseerde plasmied-DNA wat die T7-promotor as 'n templaat bevat en sintetiseer 'n RNA-voorloper met nukleosiedtrifosfate (NTP's) as 'n substraat in die teenwoordigheid van T7 RNA-polimerase.
In vitro sikliseringsmetodes sluit chemiese ligasie, ensiematiese afbinding en gepermuteerde intron-ekson (PIE) metode in. Chemiese afbinding en ensiematiese afbinding is geskik vir die siklisering van korter RNA's. Wanneer die fragment groter as 100 nt is, sal die sikliseringstempo baie afneem. In teenstelling hiermee kan die nuklease-metode gebaseer op die PIE-stelsel siklisering van 8 kb-reekse bereik.
Onder die katalise van guanosientrifosfaat (GTP), ondergaan die PIE-struktuur siklisering van ekstra-intron-sekwense. Gekombineer met 'n redelike strategie om die siklusseringstempo te verhoog, kan Yaohai Bio-Pharma siklisering van tot 4 kb-reekse bereik, met 'n sikliseringsdoeltreffendheid van meer as 80%.
Die in vitro sikliseringsreaksie van RNA verloop soos volg:
Die RNA-voorloper word gesintetiseer deur in vitro transkripsie, en die PIE-komponent voltooi selfsplyting onder die katalise van GTP om circRNA te vorm.
proses | Diensbesonderhede | Afleweringstydperk (werksdag) |
In vitro transkripsie en sirkulasie | Bevestiging van reaksiestelsel | 1-2 |
In vitro transkripsie en sikliseringsreaksies | ||
RNase R vertering | ||
Reaksie optimering | Reaksiesamestelling, tydoptimalisering | 2-5 |
Tot 4 kb se RNA-siklusisering kan bereik word.
'n Sikliseringskoers van meer as 80% kan bereik word deur 'n rasionele volgorde-optimeringstrategie.
Deur streng beheer van RNases in die eksperimentele omgewing en verbruiksgoedere, word RNA-afbraak effektief voorkom.
In vitro siklisering en verryking van sirRNA
Gebaseer op die PIE-stelsel, het Yaohai Bio-Pharma die volgorde van circRNA geoptimaliseer, met 'n sikliseringstempo van meer as 80% deur agarosegelelektroforese (AGE). Deur RNase R te gebruik om sirRNA te verryk, toon E-gel elektroforese resultate dat die lineêre RNA voorloper verteer word, en na verdere suiwering kan die meeste van die gekerfde sirRNA verwyder word. Die suiweringsoplossing is self ontwikkel deur Yaohai Bio-Pharma.
In vitro sirkulasie en verryking van sirRNA