Yaohai Bio-Pharma berei circRNA voor op grond van die PIE-stelsel (uitlijning van eksone en introne), wat afhanklik is van die self-splicing funksie van tipe I introne om RNA-sirkulasie te bereik. Die PIE-struktuur word ontwerp deur gebruik te maak van die T4 td gen of vis tRNA voorganger gen, en die rangskikking is as volg:
Die RNA-intron en ondersteunende eksonfragment word in twee dele verdeel (5' terminal en 3' terminal), waar die 5' terminalseksie oorgedra word na die einde van die doelvolgorde, die 3' terminalseksie inset word voor die doelvolgorde, en die doelgenvolgorde word ingesluit in die middel.
Onder die katalise van GTP lei die PIE-struktuur tot die sikliserings van sekweense anders as introns. Verenig met 'n redelike verbeteringsstrategie van die sikliseringskoers, kan Yaohai Bio-Pharma sikliserings van sekweense van tot 4 kb met 'n sikliseringskoers van meer as 80% bereik.
Figuur 1. In vitro sirkulasie van circRNA gebaseer op die PIE-stelsel
Proses | Opsionele Diens | Diensbesonderhede | Leveringstydperk (werkdaag) |
circRNA volgordontwerp en -optimering | Ontwerp en optimering van koderingssekwenses |
Uitlijning van CDS-rye CDS-kodonoptimalisering |
1 |
Ontwerp en optimalisering van nie-koderende volgordes |
Ontwerp en optimering van intron- en exonvolgorde Ontwerp en optimering van homoloog armvolgorde Ontwerp en optimering van spacer-volgorde |
1-2 |
CircRNA-Komponente | Biologiese Funksies | Optimeringsstrategieë | |
Twee-terminal intron- en exonvolgordes | GTP-gekataliseerde intron self-splicing vir sikliserings van volgordes buite die intron. | Ontwerp volgens die T4 td gen of visolie tRNA voorganger gen. | |
Kodering | IRES | Interne ribosoomherkeningsplek wat die vertaling van circRNA beheer. | Skerming van interne ribosoomtoegangspunt (IRES)-volgorde uit verskillende virale bronne, bv. EMCV, CVB3-bronne. |
CDS | Proteïen-koderende streke, volgorde koderend vir antigene, antileweë of ander funksionele proteïene. | Kodonoptimering verhoog die vlak van vertaling; sekere nie-optimale kodone kan 'n rol speel in proteïenvouing. | |
Nie-koderend | Nie-koderende volgorde | Doelwit miRNAs of proteïene om gengeregulering of proteïenregulering te uitoefen. | Doelwit spesifieke bindingstelle vir miRNAs of proteïene kan die volgorde van die bindingsplek herhaal. |
Yaohai Bio-Pharma het die beheerprodukt versterkte groen fluoreserende eiwit (eGFP) circRNA gelans, wat op die PIE-stelsel berus om die siklisering van RNA te bereik.
Deur 'n konvensionele transaksie-agtig te gebruik, word eGFP circRNA in 293T-selle getransfereer, en na 24 ure kan eGFP (groen) fluoreserende sein gedetecteer word, wat na 48 ure versterk sal word. Die fluoreserende sein kan steeds op die sewende dag en veertiende dag na transaksie gedetecteer word.
In vitro uitdrukkingsvalidasie van eGFP circRNA