Yaohai Bio-Pharma připravuje circRNA na základě systému PIE (zarovnání exonom a intronem), který využívá samo-spjívací funkci typu I intronů k dosažení cyklického tvaru RNA. Struktura PIE je navržena pomocí genu T4 td nebo předkursoru rybího tRNA a uspořádání je následující:
RNA intron a podpůrný exonový fragment jsou rozděleny na dvě části (5' terminál a 3' terminál), kde se 5' terminální sekvice přenáší na konec cílové sekvence, 3' terminální sekvice je vložena před cílovou sekvenci a cílová genomová sekvice je vložena uprostřed.
Pod katalýzou GTP vedou struktura PIE ke cyklování sekvencí jiných než introny. Spojením s rozumnou strategií zvýšení míry cyklování může Yaohai Bio-Pharma dosáhnout cyklování sekvencí až 4 kb s mírou cyklování více než 80 %.
Obrázek 1. In vitro cyklování circRNA na základě systému PIE
Detaily služeb
| Proces |
Volitelná služba |
Detaily služby |
Doba dodání (pracovní den) |
| návrh a optimalizace sekvence circRNA |
Návrh a optimalizace kodujících sekvencí |
Vyrovnání sekvence CDS
Optimalizace kodonů v CDS
|
1 |
| Návrh a optimalizace nekódovacích sekvencí |
Návrh a optimalizace sekvencí intronů a exónů
Návrh a optimalizace homologní sekvence ramene
Návrh a optimalizace sekvence mezerníku
|
1-2 |
Běžné strategie pro návrh posloupnosti mRNA
| Komponenty circRNA |
Biologické funkce |
Strategie optimalizace |
| Dvoukoncové intronové a exonní sekvence |
GTP-katalyzované samo-spjívání intronu pro cyklikaci sekvencí mimo intron. |
Navrženo podle genu T4 td nebo předchůdce genu tRNA rybího oleje. |
| Kódování |
IRES |
Interní místo rozpoznání ribosomy, které reguluje překlad circRNA. |
Výběr sekvencí interního místa vstupu ribosomy (IRES) z různých virálních zdrojů, např. EMCV, CVB3 zdroje. |
| CDS |
Oblasti kódující pro bílkoviny, sekvence kódující pro antigény, protilátky nebo jiné funkční bílkoviny. |
Optimalizace kodonů zvyšuje úroveň překladu; některé nestandardní kodony mohou hrát roli v sčítání bílkoviny. |
| Nekódovací |
Nekódovací sekvence |
Cílení miRNK nebo bílkovin pro vyvinutí regulace genu nebo bílkoviny. |
Cílení specifických vazebných míst pro miRNK nebo bílkoviny může opakovat sekvence vazebného místa. |
Naše funkce
- Optimalizovaná kombinace systému cyklikace PIE s rozumnými optimalizačními strategiemi dosahujícími míry cyklikace více než 80 %;
- Tým pro optimalizaci CDS spolupracuje s týmem profesionálních AI algoritmů k dokončení optimalizace kodonů v oblasti CDS;
- Zrálý a dokonalý proces u circRNA umožňuje dosáhnout vysoké účinnosti cyklikace, vysoké stability a vysoké účinnosti překladu.
Případová studie
Yaohai Bio-Pharma spustila kontrolní produkt zvýšeného zeleného fluorescenčního bílkoviny (eGFP) circRNA, který je založen na systému PIE pro dosažení cyklikace RNA.
Použitím běžného transpekčního reagenu je eGFP circRNA transfikována do buněk 293T a po 24 hodinách lze detekovat signál zelené fluorescenční fázoviny (eGFP), který se po 48 hodinách posílí. Signál lze stále detekovat i na 7. a 14. den po transfekci.
In vitro ověření výrazy eGFP circRNA
EN
AR
HR
CS
DA
NL
FI
FR
DE
EL
IT
JA
KO
NO
PL
PT
RO
RU
ES
SV
IW
ID
LV
LT
SR
SK
SL
UK
VI
ET
HU
TH
TR
FA
AF
MS
BE
MK
UR
BN
