Liên quan đến việc chuẩn bị hàng loạt tiền chất RNA, một phương pháp thường được sử dụng là sao chép in vitro (IVT). Phản ứng IVT sử dụng DNA plasmid được tuyến tính hóa chứa chất khởi động T7 làm mẫu và tổng hợp tiền chất RNA với nucleoside triphosphate (NTP) làm cơ chất với sự có mặt của T7 RNA polymerase.
Các phương pháp tạo vòng trong ống nghiệm bao gồm phương pháp thắt hóa học, phương pháp thắt enzyme và phương pháp intron-exon hoán vị (PIE). Việc thắt hóa học và thắt enzyme thích hợp cho quá trình tạo vòng của các RNA ngắn hơn. Khi đoạn lớn hơn 100 nt, tốc độ quay vòng sẽ giảm đi rất nhiều. Ngược lại, phương pháp nuclease dựa trên hệ thống PIE có thể đạt được sự tuần hoàn các chuỗi 8 kb.
Dưới sự xúc tác của guanosine triphosphate (GTP), cấu trúc PIE trải qua quá trình tuần hoàn các trình tự ngoại intron. Kết hợp với chiến lược hợp lý để tăng tốc độ chu kỳ, Yaohai Bio-Pharma có thể đạt được chu kỳ lên tới 4 kb, với hiệu suất chu kỳ hơn 80%.
Phản ứng tạo vòng trong ống nghiệm của RNA diễn ra như sau:
Tiền chất RNA được tổng hợp bằng cách phiên mã in vitro và thành phần PIE hoàn thành quá trình tự phân tách dưới sự xúc tác của GTP để tạo thành CircRNA.
Quy trình xét duyệt | Chi tiết dịch vụ | Thời gian giao hàng (Ngày làm việc) |
Phiên mã và lưu thông in vitro | Xác nhận hệ thống phản ứng | 1-2 |
Phản ứng phiên mã và chu kỳ in vitro | ||
Tiêu hóa RNase R | ||
Tối ưu hóa phản ứng | Thành phần phản ứng, tối ưu hóa thời gian | 2-5 |
Có thể đạt được tốc độ chu kỳ RNA lên tới 4 kb.
Tỷ lệ chu kỳ trên 80% có thể đạt được thông qua chiến lược tối ưu hóa trình tự hợp lý.
Thông qua việc kiểm soát chặt chẽ RNase trong môi trường thí nghiệm và vật tư tiêu hao, sự phân hủy RNA được ngăn chặn một cách hiệu quả.
Chu kỳ in vitro và làm giàu CircRNA
Dựa trên hệ thống PIE, Yaohai Bio-Pharma đã tối ưu hóa trình tự CircRNA, với tỷ lệ chu kỳ hóa hơn 80% bằng phương pháp điện di trên gel agarose (AGE). Sử dụng RNase R để làm giàu CircRNA, kết quả điện di trên E-gel cho thấy tiền chất RNA tuyến tính đã được tiêu hóa và sau khi tinh chế thêm, hầu hết các CircRNA có biệt danh có thể được loại bỏ. Giải pháp thanh lọc được Yaohai Bio-Pharma tự phát triển.
Tuần hoàn in vitro và làm giàu CircRNA