Về việc chuẩn bị hàng loạt tiền chất RNA, một phương pháp thường được sử dụng là chuyển bản in vitro (IVT). Phản ứng IVT sử dụng DNA plasmid tuyến tính chứa trình khởi động T7 làm mẫu và tổng hợp tiền chất RNA với nucleoside triphosphates (NTPs) làm chất nền trong sự hiện diện của polymerase RNA T7.
Các phương pháp cyclization in vitro bao gồm nối hóa học, nối enzym và phương pháp intron-exon hoán vị (PIE). Nối hóa học và nối enzym phù hợp cho việc cyclization của các RNA ngắn hơn. Khi đoạn lớn hơn 100 nt, tốc độ cyclization sẽ giảm đáng kể. Ngược lại, phương pháp enzyme dựa trên hệ thống PIE có thể đạt được cyclization của chuỗi dài 8 kb.
Dưới sự xúc tác của guanosine triphosphate (GTP), cấu trúc PIE trải qua quá trình cyclization của các chuỗi extra-intron. Kết hợp với chiến lược hợp lý để tăng tốc độ cyclization, Yaohai Bio-Pharma có thể đạt được cyclization cho các chuỗi dài tới 4 kb, với hiệu suất cyclization hơn 80%.
Phản ứng cyclization RNA in vitro diễn ra như sau:
Tiền chất RNA được tổng hợp bằng phương pháp transcription in vitro, và thành phần PIE hoàn thành quá trình tự cắt dưới sự xúc tác của GTP để tạo thành circRNA.
Quy trình | Chi Tiết Dịch Vụ | Thời gian Giao hàng (ngày làm việc) |
Chuyển bản thể外 và tuần hoàn | Xác nhận hệ thống phản ứng | 1-2 |
Phản ứng Bản sao ngoài tế bào và Cyclization | ||
Tiêu hóa RNase R | ||
Tối ưu hóa phản ứng | Phản ứng Tỷ lệ, Thời gian Tối ưu hóa | 2-5 |
Có thể đạt được chu trình hóa RNA lên đến 4 kb.
Tỷ lệ chu trình hóa hơn 80% có thể đạt được thông qua chiến lược tối ưu hóa trình tự hợp lý.
Thông qua việc kiểm soát nghiêm ngặt RNases trong môi trường thí nghiệm và vật tư tiêu hao, sự phân hủy RNA được ngăn chặn hiệu quả.
Chu trình hóa và làm giàu circRNA in vitro
Dựa trên hệ thống PIE, Yaohai Bio-Pharma đã tối ưu hóa trình tự của circRNA, với tỷ lệ chu trình hóa hơn 80% bằng phương pháp điện泳 gel agarose (AGE). Sử dụng RNase R để làm giàu circRNA, kết quả điện di E-gel cho thấy tiền chất RNA tuyến tính bị tiêu hóa, và sau khi tinh chế thêm, phần lớn circRNA bị đứt đoạn có thể được loại bỏ. Giải pháp tinh chế được phát triển độc lập bởi Yaohai Bio-Pharma.
Chu trình hóa và làm giàu circRNA in vitro