Kalbant apie RNR pirmtakų paketinį paruošimą, dažniausiai naudojamas metodas yra in vitro transkripcija (IVT). IVT reakcija naudoja tiesinę plazmidinę DNR, turinčią T7 promotorių kaip šabloną, ir sintezuoja RNR pirmtaką su nukleozidų trifosfatais (NTP) kaip substratą, dalyvaujant T7 RNR polimerazei.
In vitro ciklizacijos metodai apima cheminį ligavimą, fermentinį ligavimą ir permutuoto intron-egono (PIE) metodą. Cheminis ir fermentinis ligavimas tinka trumpesnių RNR ciklizavimui. Kai fragmentas yra didesnis nei 100 nt, ciklizacijos greitis labai sumažės. Priešingai, nukleazės metodas, pagrįstas PIE sistema, gali pasiekti 8 kb sekų ciklizaciją.
Katalizuojant guanozino trifosfatą (GTP), PIE struktūroje vyksta papildomų intronų sekos. Kartu su pagrįsta strategija padidinti ciklizacijos greitį, Yaohai Bio-Pharma gali pasiekti iki 4 kb sekų ciklizaciją, o ciklizacijos efektyvumas yra didesnis nei 80%.
In vitro RNR ciklizacijos reakcija vyksta taip:
RNR pirmtakas sintetinamas in vitro transkripcijos būdu, o PIE komponentas užbaigia savaiminį susijungimą pagal GTP katalizę, kad susidarytų cirRNR.
Procesas | Informacija apie paslaugą | Pristatymo laikotarpis (darbo diena) |
In vitro transkripcija ir cirkuliacija | Reakcijos sistemos patvirtinimas | 1-2 |
In vitro transkripcijos ir ciklizacijos reakcijos | ||
Rnazės R virškinimas | ||
Reakcijos optimizavimas | Reakcijos sudėtis, laiko optimizavimas | 2-5 |
Galima pasiekti iki 4 kb RNR ciklizacijos.
Taikant racionalią sekos optimizavimo strategiją, galima pasiekti didesnį nei 80 % ciklizacijos rodiklį.
Griežtai kontroliuojant RNazes eksperimentinėje aplinkoje ir eksploatacinėse medžiagose, veiksmingai užkertamas kelias RNR skilimui.
In vitro ciklizacija ir cirRNR sodrinimas
Remdamasi PIE sistema, Yaohai Bio-Pharma optimizavo cirRNR seką, o ciklizacijos greitis yra didesnis nei 80%, naudojant agarozės gelio elektroforezę (AGE). Naudojant RNazę R praturtinant cirRNR, E-gelio elektroforezės rezultatai rodo, kad linijinis RNR pirmtakas yra virškinamas, o po tolesnio valymo galima pašalinti didžiąją dalį įtrūkusios cirRNR. Valymo tirpalą patys sukūrė Yaohai Bio-Pharma.
In vitro cirkuliacija ir cirRNR sodrinimas