Stratégies d'optimisation des codons

Il existe 64 codons génétiques, dont 60 codent 20 acides aminés. Chaque organisme utilisé pour l'expression ou la production de protéines (y compris Escherichia coli, la levure, les cellules de mammifères, Pichia, les cellules végétales et les cellules d'insectes) présente un certain degré de différence ou de préférence dans l'utilisation des codons. Les codons les plus fréquemment utilisés dans un hôte sont appelés codons optimaux, tandis que ceux qui ne sont pas fréquemment utilisés sont appelés codons rares ou à faible utilisation.

Optimisation des codons

L'optimisation des codons consiste à modifier une séquence génétique en utilisant les codons préférés et en évitant les codons peu utilisés ou rares, puis à obtenir le gène modifié par synthèse génétique. Cette refonte des gènes est appelée optimisation des codons.

Une séquence génétique optimisée peut améliorer la stabilité de la structure secondaire de l'ARNm, évitant ainsi les retards de traduction, l'arrêt prématuré de la traduction, le décalage du cadre de traduction et les incompatibilités d'acides aminés dues à des pools d'ARNt insuffisants.

L’optimisation est importante car elle facilite la progression efficace de processus tels que la synthèse des gènes, la construction de vecteurs, la transcription et la traduction.

Facteurs d'optimisation

Équilibrage du contenu GC : Cela affecte la stabilité de la liaison, la température de recuit et le rendement en protéines.

Réduire les séquences répétitives : Cela diminue la difficulté de la synthèse des gènes.

Ajustement de la structure secondaire de l'ARNm : Pour éviter les structures en épingle à cheveux qui impactent la traduction.

Élimination des sites de coupure des enzymes de restriction:Pour protéger l’intégrité du gène.

Préférence de codon : Optimiser le gène donneur en fonction de l'hôte pour maximiser l'expression des protéines.

Le soutien de Yaohai

Pour la conception et la synthèse de gènes, la simple expression des protéines et l'optimisation des codons ne suffisent pas. Différentes méthodes et programmes peuvent concevoir et produire différentes séquences d'ARNm optimisées par codons. Sur la base des facteurs d'optimisation ci-dessus, combinés à sa base de données officielle et résumant des années d'expérience en synthèse de gènes, Yaohai Bio-Pharma a développé sa base de données unique d'optimisation des codons. Elle peut vous fournir une optimisation gratuite des codons et une conception de schéma de synthèse de gènes pour maximiser l'optimisation des codons de votre séquence génétique.

Yaohai Bio-Pharma a mis en place un ensemble complet de technologies de synthèse d'ARNm linéaire et d'ARNm circulaire pour fournir de l'ARN de haute qualité, telles que la conception et l'optimisation de séquences, la synthèse de gènes, l'IVT, la circularisation, la purification d'ARN et l'encapsulation LNP.

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