Stratégies d'optimisation des codons

Il existe 64 codons génétiques, dont 60 encodent 20 acides aminés. Tout organisme utilisé pour l'expression ou la production de protéines (y compris Escherichia coli, les levures, les cellules mammifères, Pichia, les cellules végétales et les cellules d'insectes) présente une certaine différence ou préférence dans l'utilisation des codons. Les codons utilisés le plus fréquemment par un hôte sont appelés codons optimaux, tandis que ceux qui ne sont pas souvent utilisés sont appelés codons rares ou à faible utilisation.

Optimisation des codons

L'optimisation des codons consiste à modifier une séquence génétique en utilisant les codons préférés et en évitant les codons à faible utilisation ou rares, puis à obtenir le gène modifié par synthèse génique. Ce redimensionnement des gènes est appelé optimisation des codons.

Une séquence génétique optimisée peut améliorer la stabilité de la structure secondaire de l'ARNm, empêchant les retards de traduction, les arrêts prématurés de traduction, les décalages de cadre de traduction et les incompatibilités d'acides aminés dus à des réservoirs insuffisants de tRNA.

L'optimisation est importante car elle facilite la progression efficace des processus tels que la synthèse de gènes, la construction de vecteurs, la transcription et la traduction.

Facteurs d'optimisation

Équilibrer le contenu en GC : Cela influence la stabilité du liage, la température d'annealing et le rendement en protéines.

Réduire les séquences répétées : Cela diminue la difficulté de la synthèse de gènes.

Ajuster la structure secondaire de l'ARNm : Pour éviter les structures en cheveux qui affectent la traduction.

Éliminer les sites de coupure des enzymes de restriction : Pour protéger l'intégrité du gène.

Préférence des codons : Optimisation du gène donneur en fonction de l'hôte pour maximiser l'expression protéique.

Le soutien de Yaohai

Pour la conception et la synthèse de gènes, une simple expression protéique et une optimisation des codons ne suffisent pas. Différentes méthodes et programmes peuvent concevoir et produire différentes séquences d'ARNm optimisées en codons. Sur la base des facteurs d'optimisation ci-dessus, combinés à sa base de données officielle, et en résumant des années d'expérience en synthèse de gènes, Yaohai Bio-Pharma a développé sa propre base de données d'optimisation des codons. Elle peut vous fournir une optimisation gratuite des codons et un design de schéma de synthèse génique pour maximiser l'optimisation de votre séquence génique.

Yaohai Bio-Pharma a établi un ensemble complet de technologies de synthèse d'ARN linéaire et circulaire pour fournir un ARN de haute qualité, tel que la conception et l'optimisation des séquences, la synthèse de gènes, l'IVT, la circularisation, la purification de l'ARN et l'encapsulation LNP.

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