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高品質なプラスミド抽出の秘密を解明する

Dec 11, 2024

プラミド抽出は研究者にとって重要です。遺伝子ベクターとして、プラミドはワクチン研究や遺伝子治療において品質が重要です。主な品質要因にはスーパーコイル構造の割合とエンドトキシン含有量があります。規制は異なります:FDA ≥80%、SMPA ≥85%、NMPA ≥90%で、線状/開鎖環状DNAは<5%です。顧客はしばしば≥95%のスーパーコイルを好みます。エンドトキシンレベルは次の通りです:研究用 (>50 EU/µg)、転染用 (<50 EU/µg)、無エンドトキシン (<0.1 EU/µg)。

スーパーコイル構造のプラミドDNA

大腸菌由来のプラミドにはスーパーコイル(SC)、開鎖環状(OC)、および線状(L)DNAが含まれます。高いSC比率は転染効率と発現を向上させます。例えば、85.45% SCのプラミドでは転染効率が2.5倍高く、93.28% SCのプラミドではHGF発現が1.8倍高くなるため、SC DNAの優位性が確認されます。

開いた円形DNA:二重鎖DNAの一方の鎖が切れたとき、超らせん構造が緩くなり、体積が大きくなる開いた円形プラミドが形成され、電気泳動中に最も遅く移動し、上位に位置します。

線状DNA:プラミドDNAの両方の鎖が切れた場合、相対的に小さい体積の線状構造が形成され、開いた円形DNAよりも速く、しかし超らせんDNAよりも遅く電気泳動し、二番目に位置します。

超らせんDNA:二本のヘリックスが絡み合い、DNAヘリックスに基づいて超らせん構造を形成します。これは最小の体積を持ち、電気泳動中に最も速く移動し、下位に位置します。

超らせん構造の比率の定量分析

ラボではアガロースゲル電気泳動(AGE)とGel-Pro Analyzerを使用して、電気泳動画像から超らせん構造の比率を判断します。ある画像では97.539%がSC DNAであり、別の画像では63.833%がSC DNA、36.167%がOC DNA(線状DNAは見えません)。

プラミドにおけるエンドトキシンの秘密

エンドトキシンは、グラム陰性菌の細胞壁の外層の成分であり、細菌が死んだり溶解したりした後に放出され、毒性を持つリポ多糖Aを含んでいます。プラミド抽出中にエンドトキシンが溶解液に混入し、転写効率に影響を与え、非特異的な免疫応答を引き起こし、実験で偽陽性を招くことがあります。

エンドトキシンの定量および定性分析

リマリスアメボサイト溶解物(LAL)試験は、リポ多糖(LPS)内の2-ケト-3-デオキシオクタン酸(KDO)との凝集反応を利用してエンドトキシンを検出します。これは定性的かつ半定量的であり、サンプルと混合することで凝固または色変化によってエンドトキシンの存在を示します。

Yaohai Bio-Pharmaでは、エンドトキシンフリーのスーパーコイル状プラミドを提供しています。Yaohaiへのアウトソーシングにより、転写および発現効率が向上します。提供されるプラミドは95%以上のSC比率(平均85%±10%)を持ち、エンドトキシンレベルは≤0.1、≤0.01、または≤0.005 EU/μgです。

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