Mengenai penyediaan batch prekursor RNA, kaedah yang biasa digunakan ialah transkripsi in vitro (IVT). Reaksi IVT menggunakan DNA plasmid linear yang mengandungi promoter T7 sebagai templat dan mensintesis prekursor RNA dengan nucleoside triphosphates (NTPs) sebagai substrat dengan kehadiran T7 RNA polymerase.
Kaedah kitaran in vitro termasuk pengikatan kimia, pengikatan enzimatik dan kaedah permuted intron-exon (PIE). Pengikatan kimia dan pengikatan enzimatik sesuai untuk kitaran RNA yang lebih pendek. Apabila serpihan lebih besar daripada 100 nt, kadar kitaran akan sangat berkurangan. Sebaliknya, kaedah nuklease berdasarkan sistem PIE boleh mencapai kitaran urutan 8 kb.
Di bawah pemangkinan guanosin trifosfat (GTP), struktur PIE mengalami kitaran jujukan intron tambahan. Digabungkan dengan strategi yang munasabah untuk meningkatkan kadar kitaran, Yaohai Bio-Pharma boleh mencapai kitaran sehingga urutan 4 kb, dengan kecekapan kitaran lebih daripada 80%.
Tindak balas kitaran in vitro RNA mengalir seperti berikut:
Prekursor RNA disintesis oleh transkripsi in vitro, dan komponen PIE melengkapkan penyambungan diri di bawah pemangkinan GTP untuk membentuk circRNA.
Proses | Butiran Perkhidmatan | Tempoh Penghantaran (Hari Kerja) |
Transkripsi dan peredaran in vitro | Pengesahan sistem tindak balas | 1-2 |
Transkripsi in vitro dan tindak balas kitaran | ||
Pencernaan RNase R | ||
Pengoptimuman tindak balas | Komposisi tindak balas, pengoptimuman masa | 2-5 |
Sehingga 4 kb kitaran RNA boleh dicapai.
Kadar kitaran lebih daripada 80% boleh dicapai melalui strategi pengoptimuman jujukan yang rasional.
Melalui kawalan ketat RNases dalam persekitaran eksperimen dan bahan habis pakai, degradasi RNA dicegah dengan berkesan.
Kitaran in vitro dan pengayaan circRNA
Berdasarkan sistem PIE, Yaohai Bio-Pharma telah mengoptimumkan jujukan circRNA, dengan kadar kitaran lebih daripada 80% oleh elektroforesis gel agarose (AGE). Menggunakan RNase R untuk memperkayakan circRNA, keputusan elektroforesis E-gel menunjukkan bahawa prekursor RNA linear dicerna, dan selepas penulenan selanjutnya, kebanyakan circRNA nicked boleh dikeluarkan. Penyelesaian penulenan dibangunkan sendiri oleh Yaohai Bio-Pharma.
Peredaran in vitro dan pengayaan circRNA