Σχετικά με την παρασκευή σε μπατσά των προδιαγραφών RNA, μια συχνά χρησιμοποιούμενη μέθοδος είναι η in vitro εγγραφή (IVT). Η αντίδραση IVT χρησιμοποιεί γραμμικοποιημένο DNA πλάσμιδο που περιέχει τον προμηθέα T7 ως πρότυπο και συντάσσει ένα προηγούμενο RNA με τριφοσφάτους νουκλεοτιδίων (NTPs) ως ισχύον στην παρουσία του πολυμεράση RNA T7.
Οι μέθοδοι in vitro κυκλοφορίας περιλαμβάνουν χημική σύζευξη, ενζυματική σύζευξη και μέθοδο permuted intron-exon (PIE). Η χημική σύζευξη και η ενζυματική σύζευξη είναι κατάλληλες για την κυκλοφορία μικρότερων RNA. Όταν το κομμάτι είναι μεγαλύτερο από 100 nt, ο ρυθμός κυκλοφορίας θα μειωθεί σημαντικά. Σε αντίθεση, η μέθοδος νυκλεάσης με βάση το σύστημα PIE μπορεί να επιτύχει κυκλοφορία ακολουθιών 8 kb.
Υπό την καταλύση του γυανοσίνης τριφωσφάτη (GTP), η δομή PIE υποβάλλεται σε κυκλοποίηση εξωτροχιαστικών ακολουθιών. Συνδυασμένη με μια λογική στρατηγική για την αύξηση της ταχύτητας κυκλοποίησης, η Yaohai Bio-Pharma μπορεί να επιτύχει κυκλοποίηση ακολουθιών μέχρι και 4 kb, με αποδοτικότητα κυκλοποίησης πάνω από το 80%.
Η αντίδραση κυκλοποίησης του RNA ρέει ως εξής:
Το προκάτιο RNA συντέθηκε με την εκτός ανθρώπων μεταφορά, και το συστατικό PIE ολοκληρώνει την αυτοσυσπλοκή υπό την καταλύση του GTP για να δημιουργήσει circRNA.
Διαδικασία | Λεπτομέρειες Υπηρεσίας | Περίοδος Παράδοσης (εργασιακή μέρα) |
Μετάφραση εκτός οργανισμού και κυκλοφορία | Επιβεβαίωση συστήματος αντίδρασης | 1-2 |
Αντιδράσεις Μετάφρασης Έξω από το Σώμα και Κυκλοποίησης | ||
Χονδροποίηση με RNase R | ||
Βελτιωμένη αντίδραση | Σύνθεση Αντίδρασης, Βελτιωμένος Χρόνος | 2-5 |
Μπορεί να επιτευχθεί κυκλική RNA μέχρι 4 kb.
Μπορεί να επιτευχθεί ρυθμός κυκλικοποίησης πάνω από το 80% μέσω μιας λογικής στρατηγικής βελτιωμένης ακολουθίας.
Μέσω αυστηρής ελέγχωσης των RNases στο πειραματικό περιβάλλον και τα υλικά, η κατάρρευση της RNA ελέγχεται αποτελεσματικά.
Εξωτερική κυκλικοποίηση και ενίσχυση circRNA
Με βάση το σύστημα PIE, το Yaohai Bio-Pharma έχει βελτιώσει την ακολουθία της circRNA, με ρυθμό κυκλικοποίησης πάνω από το 80% με αγαρόζηλη ηλεκτροφόρηση (AGE). Χρησιμοποιώντας RNase R για να ενισχύσετε την circRNA, τα αποτελέσματα της ηλεκτροφόρησης E-gel δείχνουν ότι ο γραμμικός προδιάστημα RNA κατατρέπεται, και μετά από περαιτέρη καθαρισμού, μπορεί να αφαιρεθεί το μεγαλύτερο μέρος της κοπτές circRNA. Η λύση καθαρισμού αναπτύχθηκε από το Yaohai Bio-Pharma.
Εξωτερική κυκλοφορία και ενίσχυση circRNA