Иаохаи Био-Пхарма припрема цирцРНА засновану на ПИЕ систему (поравнање егзона и интрона), који се ослања на функцију самоспајања интрона типа И да би се постигла циклизација РНК. ПИЕ структура је дизајнирана коришћењем Т4 тд гена или прекурсорског гена рибље тРНА, а распоред је следећи:
РНК интрон и пратећи ексон фрагмент су подељени на два дела (5' терминал и 3' терминал), где се 5' терминална секвенца преноси на реп циљне секвенце, а 3' терминална секвенца се убацује у предњи део циљна секвенца, а секвенца циљног гена је уметнута у средину.
Под катализом ГТП, ПИЕ структура доводи до циклизације секвенци које нису интрони. У комбинацији са разумном стратегијом побољшања брзине циклизације, Иаохаи Био-Пхарма може постићи циклизацију секвенци до 4 кб са стопом циклизације већом од 80%.
Слика 1. Ин витро циркулација цирцРНА заснована на ПИЕ систему
Proces | Опциона услуга | Детаљи услуге | Период испоруке (радним даном) |
дизајн и оптимизација секвенце цирцРНА | Дизајн и оптимизација кодних секвенци | Поравнање ЦДС секвенци Оптимизација ЦДС кодона | 1 |
Дизајн и оптимизација некодирајућих секвенци | Дизајн и оптимизација секвенце интрона и ексона Дизајн и оптимизација хомологне секвенце крака Дизајн и оптимизација секвенце одстојника | 1-2 |
ЦирцРНА Цомпонентс | Биолошке функције | Стратегије оптимизације | |
Двотерминалне секвенце интрона и егзона | ГТП-катализовано интронско самоспајање за циклизацију секвенци изван интрона. | Дизајниран према Т4 тд гену или тРНА прекурсорском гену рибљег уља. | |
Кодирање | ИРЕС | Интерно место за препознавање рибозома које регулише транслацију цирцРНА. | Скрининг секвенци унутрашњег улазног места рибозома (ИРЕС) из различитих извора вируса, нпр. ЕМЦВ, ЦВБ3 извора. |
ЦДС | Региони који кодирају протеине, секвенце које кодирају антигене, антитела или друге функционалне протеине. | Оптимизација кодона повећава ниво превода; одређени неоптимални кодони могу играти улогу у савијању протеина. | |
Без кодирања | Некодирајуће секвенце | Циљајте миРНА или протеине да би извршили регулацију гена или протеина. | Циљање специфичних места везивања за миРНА или протеине може поновити секвенце места везивања. |
Иаохаи Био-Пхарма је лансирала цирцРНА за контролни производ са побољшаним зеленим флуоресцентним протеином (еГФП), који је заснован на ПИЕ систему за постизање циклизације РНК.
Користећи конвенционални трансфекциони реагенс, еГФП цирцРНА се трансфектује у 293Т ћелије, а еГФП (зелени) флуоресцентни сигнал се може детектовати након 24 сата, који ће бити појачан након 48 сати. Флуоресцентни сигнал се и даље може детектовати 7. и 14. дан након трансфекција.
Ин витро валидација експресије еГФП цирцРНА