โครงสร้างหมวกซึ่งอยู่ที่ปลาย 5′ ของ mRNA มีบทบาทสำคัญในการแปล การทำให้เสถียร และการขนส่ง mRNA ภายในยูคาริโอตอย่างมีประสิทธิภาพ ในบริบทของ mRNA ที่ถูกถอดรหัสภายนอกร่างกาย (IVT) แคปขนาด 5' ถูกนำมาใช้ผ่านกระบวนการปิดฝาแบบถอดรหัสร่วมหรือกระบวนการปิดฝาด้วยเอนไซม์ เนื่องจากเป็นส่วนประกอบที่ขาดไม่ได้ของ IVT RNA ฝาขนาด 5′ จึงเป็นคุณลักษณะด้านคุณภาพที่สำคัญ (CQA) ซึ่งจำเป็นต้องมีการระบุลักษณะเฉพาะที่ครอบคลุมตลอดการพัฒนากระบวนการและการปล่อยแบทช์
Yaohai-Bio Pharma นำเสนอโซลูชันการวิเคราะห์ประสิทธิภาพการปิดฝาขนาด 5' ที่ครอบคลุม ครอบคลุมการออกแบบเฝือกโอลิโกนิวคลีโอไทด์ (โพรบ), การแยก RNase H, โครมาโตกราฟีของเหลวประสิทธิภาพสูงเฟสกลับ IP-RP- ไอออนคู่ (IP-RP-HPLC)/โครมาโตกราฟีของเหลว -แมสสเปกโตรเมทรี (LC-MS) การวิเคราะห์ข้อมูล
ตามการพิจารณาด้านกฎระเบียบของ WHO “ความสมบูรณ์ของโครงสร้างของ mRNA ถือเป็นคุณลักษณะด้านคุณภาพที่สำคัญสำหรับการปล่อย mRNA ดังนั้นจึงจำเป็นต้องมีการควบคุมเพื่อความสมบูรณ์ของ mRNA ประสิทธิภาพการปิดฝา 5′ การมีอยู่หรือความยาวส่วนหาง 3′ poly(A) และอื่นๆ”
การวิเคราะห์ |
วิธีการ |
ประสิทธิภาพการกำหนด mRNA 5' |
LC-MS หลังการย่อยอาหาร |
โพรบตรวจแยกซึ่งรวม 2'-O-เมทิลนิวคลีโอไทด์และเตตราออกซีไรโบนิวคลีโอไทด์ ทำหน้าที่แยกสาย RNA เสริมที่ตำแหน่งเฉพาะเมื่อมี RNase H ปรากฏ วิธีการนี้พิสูจน์ได้ว่ามีคุณค่าอย่างมากสำหรับการสร้างชิ้นส่วน RNA ขนาดใหญ่ตามเป้าหมาย
โพรบแบบไบโอทินิเลตได้รับการออกแบบอย่างมีกลยุทธ์เพื่อเสริมกับ mRNA ส่วนปลาย 5' ใช้ร่วมกับ RNase H เพื่อเร่งปฏิกิริยาการแตกแยกที่เป็นเป้าหมายของโอลิโกนิวคลีโอไทด์ส่วนปลาย 5' ที่มีโครงสร้างฝาครอบ
ในการวิเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ LC-MS โหมดโครมาโตกราฟีที่ต้องการคือการแยกเฟสแบบย้อนกลับด้วยการจับคู่ไอออน (IP-RP) โดยใช้สารเติมแต่งเฟสแบบเคลื่อนที่ของเอมีน เนื่องมาจากกำลังการแยกรายละเอียดที่เหนือกว่าและความเข้ากันได้กับแมสสเปกโตรเมทรี (MS)
มวลที่แตกต่างกันซึ่งสังเกตได้ในชิ้นส่วนที่แตกแยกซึ่งมีฝาปิด m7GpppG ตรงกันข้ามกับที่มีไดฟอสเฟต ไตรฟอสเฟต หรือ G cap ที่ไม่ได้รับเมทิลเลต (GpppG) ช่วยให้ระบุตัวตนได้ง่ายขึ้นและช่วยให้สามารถประมาณประสิทธิภาพในการปิดฝาได้
Yaohai-Bio Pharma ได้พัฒนาวิธีการที่มีประสิทธิภาพสำหรับการวิเคราะห์ประสิทธิภาพการปิดฝา mRNA ตั้งแต่การออกแบบเฝือกโอลิโกนิวคลีโอไทด์ (โพรบ) การแตกแยกของ RNase H, IP-RP-HPLC/LC-MS ไปจนถึงการวิเคราะห์ข้อมูล
โครมาโตกราฟีไอออนทั้งหมด (ซ้าย) และสเปกตรัมมวลสเปรย์ด้วยไฟฟ้า (ขวา) ของชิ้นส่วนของรอยแยก 5'end