細菌（大腸菌）や酵母（ハンゼヌラ・ポリモルファ、ピチア・パストリス、サッカロミセス・セレビシエ）などの微生物発現システムは、バイオ医薬品業界で広く使用されています。ワクチン、ペプチド、酵素、ナノ抗体、抗体フラグメント、成長因子、サイトカイン、抗原、コラーゲンの他に、以下のタンパク質も微生物細胞で生成できます。
| タイプ/ファミリー | タンパク質 | 申し込み |
| アルブミン | ヒト血清アルブミン (HSA) | 低アルブミンレベルの活性物質として、または不活性成分として |
| 猫血清アルブミン (FSA) | アルブミンレベルと浸透圧の上昇 | |
| 犬血清アルブミン (CSA) | ||
| ウシ血清アルブミン (BSA) | 実験の標準試薬として | |
| ケモカイン | 間質細胞由来因子-1 (SDF-1) | 虚血再灌流損傷から心臓を保護します。心臓の血管新生を刺激する |
| ヘパリン結合成長因子 | ミッドカイン | 血管新生や線溶などの活動を発揮します。 |
| 骨芽細胞因子 | MEPE フラグメント | 骨形成と骨芽細胞の増殖の促進 |
| アポリポタンパク質 | クラステリン（CLU）、アポリポタンパク質A | 細胞残骸とアポトーシスの除去 |
| E3ユビキチンリガーゼ | パーキンタンパク質 | パーキンソン病の症状を改善する |
| アネキシン | アネキシン 5 | 敗血症の潜在的な治療法として炎症と内皮活性化を抑制 |
| 神経毒性ペプチド | コノペプチド、コノトキシン | 痛みの管理および化粧品の使用 (しわ防止など) |
| ボツリヌス毒素 | ||
| 融合タンパク質 | ヒト血清アルブミン（HSA）融合タンパク質 | 薬物動態特性の改善とペプチドまたはタンパク質の半減期の延長（主に半減期延長キャリアとして） |
| HSA結合ドメインを含むDARPinsのような、設計されたアンキリンリピートタンパク質（DARPins） | ||
| その他の融合タンパク質 | カスタムプロテイン |
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