RNA পূর্ববর্তীদের ব্যাচ প্রস্তুতির বিষয়ে, একটি সাধারণভাবে ব্যবহৃত পদ্ধতি হল ইন ভিট্রো ট্রান্সক্রিপশন (IVT)। IVT প্রতিক্রিয়া একটি টেমপ্লেট হিসাবে T7 প্রোমোটার ধারণকারী লিনিয়ারাইজড প্লাজমিড ডিএনএ ব্যবহার করে এবং T7 আরএনএ পলিমারেজের উপস্থিতিতে একটি সাবস্ট্রেট হিসাবে নিউক্লিওসাইড ট্রাইফসফেটস (এনটিপি) সহ একটি আরএনএ পূর্বসূরকে সংশ্লেষিত করে।
ইন ভিট্রো সাইক্লাইজেশন পদ্ধতির মধ্যে রয়েছে রাসায়নিক বন্ধন, এনজাইমেটিক লাইগেশন এবং পারমিউটেড ইন্ট্রন-এক্সন (পিআইই) পদ্ধতি। রাসায়নিক বন্ধন এবং এনজাইমেটিক লাইগেশন খাটো আরএনএগুলির সাইক্লাইজেশনের জন্য উপযুক্ত। যখন খণ্ডটি 100 nt-এর চেয়ে বড় হয়, তখন সাইক্লাইজেশন হার ব্যাপকভাবে হ্রাস পাবে। বিপরীতে, PIE সিস্টেমের উপর ভিত্তি করে নিউক্লিজ পদ্ধতিটি 8 কেবি সিকোয়েন্সের সাইক্লাইজেশন অর্জন করতে পারে।
গুয়ানোসিন ট্রাইফসফেট (GTP) এর অনুঘটকের অধীনে, PIE কাঠামো অতিরিক্ত-ইন্ট্রোন সিকোয়েন্সের সাইক্লাইজেশনের মধ্য দিয়ে যায়। সাইক্লাইজেশন রেট বাড়ানোর জন্য একটি যুক্তিসঙ্গত কৌশলের সাথে একত্রিত, ইয়াওহাই বায়ো-ফার্মা 4% এর বেশি সাইক্লাইজেশন দক্ষতা সহ 80 কেবি সিকোয়েন্স পর্যন্ত সাইক্লাইজেশন অর্জন করতে পারে।
আরএনএর ইন ভিট্রো সাইক্লাইজেশন প্রতিক্রিয়া নিম্নরূপ প্রবাহিত হয়:
আরএনএ অগ্রদূত ইন ভিট্রো ট্রান্সক্রিপশন দ্বারা সংশ্লেষিত হয়, এবং PIE উপাদানটি সার্কআরএনএ গঠনের জন্য GTP-এর অনুঘটকের অধীনে স্ব-বিভক্তকরণ সম্পন্ন করে।
প্রক্রিয়া | পরিষেবা বিশদ | প্রসবের সময়কাল (কাজের দিন) |
ইন ভিট্রো প্রতিলিপি এবং প্রচলন | প্রতিক্রিয়া সিস্টেম নিশ্চিতকরণ | 1-2 |
ইন ভিট্রো ট্রান্সক্রিপশন এবং সাইক্লাইজেশন প্রতিক্রিয়া | ||
RNase R হজম | ||
প্রতিক্রিয়া অপ্টিমাইজেশান | প্রতিক্রিয়া রচনা, সময় অপ্টিমাইজেশান | 2-5 |
RNA সাইক্লাইজেশনের 4 kb পর্যন্ত অর্জন করা যায়।
একটি যৌক্তিক সিকোয়েন্স অপ্টিমাইজেশান কৌশলের মাধ্যমে 80% এর বেশি সাইক্লাইজেশন হার অর্জন করা যেতে পারে।
পরীক্ষামূলক পরিবেশ এবং ভোগ্যপণ্যে RNase-এর কঠোর নিয়ন্ত্রণের মাধ্যমে, RNA অবক্ষয় কার্যকরভাবে প্রতিরোধ করা হয়।
ইন ভিট্রো সাইক্লাইজেশন এবং সার্কআরএনএ সমৃদ্ধকরণ
PIE সিস্টেমের উপর ভিত্তি করে, ইয়াওহাই বায়ো-ফার্মা অ্যাগারোজ জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস (AGE) দ্বারা 80% এর বেশি সাইক্লাইজেশন রেট সহ circRNA এর ক্রমকে অপ্টিমাইজ করেছে। সার্কআরএনএ সমৃদ্ধ করার জন্য RNase R ব্যবহার করে, ই-জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস ফলাফল দেখায় যে রৈখিক RNA পূর্বসূরি হজম হয় এবং আরও বিশুদ্ধকরণের পরে, বেশিরভাগ নিকড সার্কআরএনএ অপসারণ করা যেতে পারে। পরিশোধন সমাধানটি ইয়াওহাই বায়ো-ফার্মা দ্বারা স্ব-উন্নত।
ইন ভিট্রো সঞ্চালন এবং সার্কআরএনএ সমৃদ্ধকরণ