Στρατηγικές βελτιστοποίησης κωδικονίων

Υπάρχουν 64 γενετικά κωδικόνια, εκ των οποίων τα 60 κωδικοποιούν 20 αμινοξέα. Κάθε οργανισμός που χρησιμοποιείται για έκφραση ή παραγωγή πρωτεΐνης (συμπεριλαμβανομένου του Escherichia coli, των ζυμομυκήτων, των κυττάρων των θηλαστικών, των Pichia, των φυτικών κυττάρων και των κυττάρων εντόμων) εμφανίζει κάποιο βαθμό διαφοράς ή προτίμησης στη χρήση κωδικονίων. Τα κωδικόνια που χρησιμοποιούνται συχνότερα σε έναν ξενιστή ονομάζονται βέλτιστα κωδικόνια, ενώ αυτά που δεν χρησιμοποιούνται συχνά ονομάζονται σπάνια ή χαμηλής χρήσης κωδικόνια.

Βελτιστοποίηση κωδικονίων

Η βελτιστοποίηση κωδικονίων περιλαμβάνει την τροποποίηση μιας γονιδιακής αλληλουχίας με τη χρήση προτιμώμενων κωδικονίων και την αποφυγή χαμηλής χρήσης ή σπάνιων κωδικονίων και στη συνέχεια τη λήψη του τροποποιημένου γονιδίου μέσω της σύνθεσης γονιδίων. Αυτός ο επανασχεδιασμός των γονιδίων αναφέρεται ως βελτιστοποίηση κωδικονίων.

Μια βελτιστοποιημένη γονιδιακή αλληλουχία μπορεί να ενισχύσει τη σταθερότητα της δευτερογενούς δομής του mRNA, αποτρέποντας καθυστερήσεις μετάφρασης, πρόωρο τερματισμό μετάφρασης, μετατόπιση πλαισίου μετάφρασης και αναντιστοιχίες αμινοξέων λόγω ανεπαρκών δεξαμενών tRNA.

Η βελτιστοποίηση είναι σημαντική επειδή διευκολύνει την αποτελεσματική πρόοδο διαδικασιών όπως η γονιδιακή σύνθεση, η κατασκευή φορέων, η μεταγραφή και η μετάφραση.

Παράγοντες Βελτιστοποίησης

Εξισορρόπηση περιεχομένου GC: Αυτό επηρεάζει τη σταθερότητα δέσμευσης, τη θερμοκρασία ανόπτησης και την απόδοση πρωτεΐνης.

Μείωση επαναλαμβανόμενων ακολουθιών: Αυτό μειώνει τη δυσκολία της γονιδιακής σύνθεσης.

Ρύθμιση δευτερογενούς δομής mRNA: Για να αποφύγετε δομές φουρκέτας που επηρεάζουν τη μετάφραση.

Εξάλειψη θέσεων κοπής ενζύμου περιορισμού: Για την προστασία της ακεραιότητας του γονιδίου.

Προτίμηση κωδικονίου: Βελτιστοποίηση του γονιδίου δότη σύμφωνα με τον ξενιστή για μεγιστοποίηση της έκφρασης πρωτεΐνης.

Η υποστήριξη του Yaohai

Για το σχεδιασμό και τη σύνθεση γονιδίων, η απλή έκφραση πρωτεΐνης και η βελτιστοποίηση κωδικονίων δεν επαρκούν. Διαφορετικές μέθοδοι και προγράμματα μπορούν να σχεδιάσουν και να παράγουν διαφορετικές αλληλουχίες mRNA βελτιστοποιημένες για κωδικόνια. Με βάση τους παραπάνω παράγοντες βελτιστοποίησης, σε συνδυασμό με την επίσημη βάση δεδομένων της και συνοψίζοντας χρόνια εμπειρίας στη σύνθεση γονιδίων, η Yaohai Bio-Pharma έχει αναπτύξει τη μοναδική βάση δεδομένων βελτιστοποίησης κωδικονίων. Μπορεί να σας παρέχει δωρεάν βελτιστοποίηση κωδικονίων και σχεδιασμό σχήματος σύνθεσης γονιδίων για να μεγιστοποιήσετε τη βελτιστοποίηση κωδικονίων της γονιδιακής σας αλληλουχίας.

Η Yaohai Bio-Pharma έχει δημιουργήσει ένα πλήρες σύνολο τεχνολογιών γραμμικής σύνθεσης mRNA και κυκλικού mRNA για την παροχή RNA υψηλής ποιότητας, όπως σχεδιασμό και βελτιστοποίηση αλληλουχίας, σύνθεση γονιδίων, IVT, κυκλοποίηση, καθαρισμό RNA και ενθυλάκωση LNP.

Αναζητούμε επίσης ενεργά θεσμικούς ή μεμονωμένους παγκόσμιους εταίρους. Προσφέρουμε την πιο ανταγωνιστική αποζημίωση στον κλάδο. Εάν έχετε οποιεσδήποτε ερωτήσεις, μη διστάσετε να επικοινωνήσετε μαζί μας: [email protected]

Για περισσότερες λεπτομέρειες σχετικά με το Yaohai Bio-Pharma, παρακαλούμε ανατρέξτε στον ιστότοπό μας: www.yaohaibio-pharma.com